农村合作医疗保险和职工医疗保险的区别有：第一，二者所覆盖的对象不同参加农村合作医疗保险只有农村户口的人才能够办理，其他非农户口不能办理；而职工医疗保险，城镇所有用人单位及其职工都要参加。第二，二者缴费主体不同农村合作医疗的缴费主体是农民个人、集体和政府，通过三方面筹资来保障这份保险能够为农民百姓提供医疗保障；职工医疗保险的缴费主体是劳动者和用人单位，通过这两方面筹资来保障这份保险能够为劳动者提供医疗保障。第三，二者缴费方式不同农村合作医疗保险由农民自愿参加，没有强制性，而且每年都要办理参保缴费手续，一年不缴费，下年就不能享受待遇；职工医疗保险对于用人单位来说具有强制性，就是用人单位必须要为自己的员工办理职工医保，而且缴费要达到当你规定的年限。费用由单位和职工个人共同承担支付。第四，二者报销比例不同农村合作医疗的参保者没有个人账户、报销比例相对于职工医保来说要低一些，限额较低，因为是一年一参合，参合本年度享受报销；村卫生室及村中心卫生室就诊报销60％，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元；镇卫生院就诊报销40％，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元；二级医院就诊报销30％，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元；三级医院就诊报销20％，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元；中药发票附上处方每贴限额1元；镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。新农合住院报销比例：镇卫生院报销60％；二级医院报销40％；三级医院报销30％。职工医保的参保者拥有个人账户，定期都会有费用划入到个人账户里，而且报销比例比较高，虽然说有起付标准，但是它的报销最高限额比较高，医疗费也不封顶。只要参保人员完成了规定的缴费年限后，就可以享受到终身医疗保险待遇。职工医保，到医院的门诊、急诊看病后，1800元以上的医疗费用才可以报销，报销的比例是50％。如果是70周岁以下的退休人员，1300元以上的费用可以报销，报销的比例是70％。如果是70周岁以上的退休人员，1300元以上的费用可以报销报销的比例是80％。住院报销的标准与参保人员所住的医院级别有关，如住的是三级医院，从起付标准到3万元的费用，报销85％；3万元到4万元的费用，报销90％；超过4万元到最高支付限额部分的费用，则95％都可以报销。而退休人员个人支付的比例是在职职工的60％，第五，二者缴费标准不同农村合作医疗保险的缴费标准有好几种情况，分为100元、200元、300元、400元、500元不等，每个地方都有各自的缴费标准，需要结合当地的缴费标准来选择，新农合门诊看病乡村卫生院社区医院可报一部分，上级医院不报销，住院看病报销比例高百分之六十五到百分之八十五。职工医疗保险的缴费标准与参保者的工资有关，按照相关的比例标准进行缴纳，一般来说，个人需要承担20％，单位需要承担80％，单位要缴的多，职工医保缴费标准要比农村合作医疗保险高。