当事人撤回仲裁申请后，仲裁庭丧失了对案件进行管辖的依据。但是撤回仲裁申请，是当事人对其仲裁程序上的权利进行了处分，并没有放弃实体权利，因而，只要申请人没有声明放弃实体权利，申请人就可以重新申请仲裁，但这里申请仲裁的前提，是当事人对和解协议反悔。实践中，反悔的原因是多种的：可能是因为己方在和解协议中让步太多，损失太大;也可能因为对方不履行和解协议，自己的合法权益未能实现。无论是基于何种原因，都应当允许反悔，这是保护当事人合法权益的要求。

重新申请仲裁是否需要当事人重新订立仲裁协议，其关键在于原来的仲裁协议是否仍然有效。依相关法律，仲裁程序终结是仲裁协议失效的原因之一。也就是说，当事人的纠纷经仲裁庭审理完毕做出裁决书之后，据以申请该仲裁的协议就失效了，当事人不得依该协议再次申请仲裁。要申请仲裁，必须另行达成一个新的仲裁协议。但是应当注意的是，当事人因达成和解协议而撤回仲裁申请时，仲裁程序尚未终结，那么原来的仲裁协议也就没有失效。因此，当事人因对撤回仲裁申请反悔而重新申请仲裁时，仍然可以根据原来的仲裁协议，而不必另行达成新的仲裁协议。

由于双方原来签订的仲裁协议仍然有效，根据法律规定的“仲裁协议排除法院管辖权"原则，在双方当事人达成和解协议后撤回仲裁申请又反悔的，任何一方都不得向法院提起诉讼。

《仲裁法》第49条规定：“当事人申请仲裁后，可以自行和解。达成和解协议的，可以请求仲裁庭根据和解协议作出裁决书，也可以撤回仲裁申请。”故当事人达成和解协议后可以有两种作为，一是请求仲裁庭根据和解协议作出裁决书，一是撤回仲裁申请。一般，双方当事人达成一致意见，且义务方即时履行了义务的，可由申请人申请撤回仲裁;若义务方不能即时履行义务的，申请人可请求仲裁庭制作裁决书，当义务方不履行义务时，申请人可依据裁决书请求法院强制执行。

《仲裁法》第50条规定：“当事人达成和解协议，撤回仲裁申请后反悔的，可以根据仲裁协议申请仲裁。”该条规定了达成和解协议，后悔撤回仲裁申请的处理办法。此时，申请仲裁方当事人可依据原先达成的仲裁协议重新申请仲裁。