《若干规定》出台后，理论界和实务界均有人提出，《若干规定》第15条关于调解协议效力的规定与我国《民事诉讼法》第89条、第91条相抵触，其内容突破了《民事诉讼法》的规定。按照《立法法》的规定，司法解释不能超越基本法，最高人民法院无权作出与《民事诉讼法》内容相违背的司法解释。笔者认为，《若干规定》关于调解协议的效力与《民事诉讼法》的规定并不相悖。有人之所以提出《若干规定》与《民事诉讼法》相抵触的观点，主要是混淆了调解协议与调解书、一般规定与特别规定之间的关系。

调解协议是双方当事人自愿处分其实体权利和诉讼权利的一种文书形式，是当事人之间的法律文书，是调解书的基础。它本身无法律效力，一方或双方反悔，人民法院无从约束。调解书是指人民法院制作的，记载当事人之间调解协议内容的法律文书。它既是当事人平等协商结果的记录，又是人民法院对当事人的协议予以确认后，依法赋予强制执行力的法律文书。《民事诉讼法》的适用范围是受理平等主体之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼。

作为程序法，其目的在于保障民事实体法的实现。民事实体法规定的民事主体的财产权和人身权属于私权，当事人对私权的处分，国家不应有过多的限制。依私权自治理论，当事人在法院主持调解下所达成的协议，应等同于当事人解决争议的一种“契约”，若无特别约定或规定，“契约”从成立时生效。以生效调解协议为基础的调解书在送达时，当事人不应有反悔之权。人民法院的民事调解书只是对当事人合意形成的“契约”的一种确认，用固定形式的法律文书确定下来，便于当事人履行和法院的强制执行。

《民事诉讼法》第89条规定：“调解达成协议，人民法院应当制作成调解书。……调解书经双方当事人签收后，即具有法律效力。”第91条规定：“调解未达成协议或者调解书送达前一方反悔的，人民法院应当及时判决。”该法第90条同时还规定“下列案件调解达成协议，人民法院可以不制作调解书，其他不需要制作调解书的案件。对不需要制作调解书的协议，应当记入笔录，由双方当事人、审判人员、书记员签名或盖章后，即具有法律效力。”从《民事诉讼法》第90条规定中可看出，立法者并未一概否定调解协议的效力，其第4项“其他不需要制作调解书的案件”的规定，为《若干规定》留下了适用的余地。

有人认为，《民事诉讼法》第90条只规定了不需要制作调解书的部分案件，调解协议才具有法律效力，并没有规定制作调解书的案件，调解协议具有法律效力。笔者认为，该条第1款“下列案件调解达成协议，人民法院可以不制作调解书”的规定，并不排斥人民法院可以制作调解书。对该条的理解不能作反面解释，应理解为“下列案件调解达成协议，人民法院也可以制作调解书”。若当事人或人民法院认为确有必要对调解协议制作调解书进行确认，应不影响调解协议的效力。因为该条的立法目的是减少诉讼环节，节约诉讼成本，提高诉讼效率。当事人之间的争议经调解达成协议，可约定调解协议具有法律效力，而无需人民法院制作调解书进行确认，以充分尊重当事人的意思自治。依“举轻以明重”之民法解释方法，当事人之间的调解协议具有法律效力，以当事人调解协议为基础，人民法院按法定程序制作的调解书，当然具有法律效力。