一、补偿金40万要扣多少税

根据财政部、国家税务总局《关于个人与用人单位解除取得的一次性补偿收入征免问题的通知》第一条规定：个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入（包括用人单位发放的、生活补助费和其他补助费用），其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过的部分按照《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》第二条的规定：个人领取一次性补偿收入时按照国家和地方政府规定的比例实际缴纳的住房公积金、医疗保险费、基本费、失业保险费，可以在计征其一次性补偿收入的个人所得税时予以扣除。

月应纳税所得额＝（经济补偿金收入－市职工平均工资×3）÷工作年限（12年上限）－可税前扣除金额（住房公积金、医疗保险费、基本费、失业保险费）月缴纳个税＝月应纳税所得额×税率－速算扣除数

缴纳个税总额＝月缴纳个税×工作年限（12年上线）税后所得＝税前补偿金－缴纳个税总额

二、用人单位应当支付经济补偿的情形

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十六条的规定：有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：

（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的；

（二）用人单位依照本法第三十六条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的；

（三）用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的；

（四）用人单位依照本法第四十一条第一款规定解除劳动合同的；

（五）除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的；

（六）依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的；

（七）法律、行政法规规定的其他情形。

三、用人单位不予支付经济补偿金的情形

根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的规定：劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：

（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；

（二）严重违反用人单位的规章制度的；

（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；

（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；

（五）因以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同，致使劳动合同无效的；

（六）被依法追究刑事责任的。

《中华人民共和国劳动合同法》（2012修正）：第四章　劳动合同的解除和终止　　第三十九条　【用人单位单方解除劳动合同（过失性辞退）】劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：\n（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；\n（二）严重违反用人单位的规章制度的；\n（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；\n（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；\n（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；\n（六）被依法追究刑事责任的。