需要看因竞业限制导致的纠纷是劳动合同纠纷还有侵权纠纷（侵犯商业秘密）。

我们先来看两个案例：

案例一：小高是某公司一名工程师，公司的很多项目和专利设计小高都进行了参与。另一家从事同类行业的公司重金聘请小高加入，并许以公司股份，因此小高决定辞职加入新公司。某公司在小高离职时要求签订竞业限制协议，并约定了期限、补偿金和违约金的数额，小高为了更快的离职而签订了该协议。在签订该协议之后，小高马上进入新公司上班。某公司得知小高加入新公司的事情后，找到小高要求其立即按照竞业限制协议的约定履行竞业限制义务，并支付违约金。但小高以某公司没有支付补偿金的理由予以拒绝。某公司认为小高的行为侵犯了公司的商业秘密，违反了竞业限制协议的约定，向法院起诉，要求小高支付违反竞业限制协议的违约金。

法院接到材料后，以劳动争议案件应仲裁前置为由，不予立案。后某公司向劳动仲裁委申请了劳动仲裁，仲裁委予以立案并进行了审理。

案例二：谢某是某公司的技术人员，入职时就与公司签订了保密协议及竞业限制协议。谢某在与公司合作的过程中发生了矛盾，因此谢某与公司解除了劳动关系。后来，谢某应聘到了另外一家从事该类业务的公司工作，并在工作过程中使用了原公司的一些商业技术和秘密，对某公司的经营造成了很大的影响。某公司遂以谢某违反协议约定，侵犯商业秘密给公司造成重大损失为由，向法院提起了民事诉讼，法院对该案予以立案并进行了审理。

通过以上两个案例我们可以知道，双方均签订了竞业限制协议且发生纠纷，但是诉讼程序却是截然不同的，原因在于案由不同。在最高人民法院2011年2月公布的最新案由里面，可以看到两类与竞业限制相关的案由。一是属于“劳动争议”中的“竞业限制纠纷”，还有一类则是属于“不正当竞争纠纷”中的“侵害商业秘密纠纷”。前者是违约纠纷，后者是侵权纠纷。通常而言，违反竞业限制的行为，往往也涉嫌侵害商业秘密。因此，用人单位往往可以选择上述两类案由的一类去起诉或仲裁。

两类案由的选择会带来什么区别呢?首先就是程序不一样。如为竞业限制纠纷，则用人单位应先申请劳动仲裁，对仲裁结果不服，任何一方可向法院提起诉讼。如有侵害商业秘密纠纷，则用人单位可以直接向法院提起诉讼。其次，被告或被申请人不一样，或者说责任主体不一样。竞业限制纠纷中的被申请人只能是员工，但侵害商业秘密纠纷的被告，可能是员工以及员工新任职的单位，甚至可能还有其它对侵害商业秘密有过错的第三方。其三，两者的举证责任也不一样。最后，也并不是所有违反竞业限制的行为都是侵害商业秘密的行为。