1、合同双方应在合同中约定，如一方违反合同约定，另一方可追究违约方的责任，并要求违约方承担违约金或赔偿损失。

2、合同双方只要约定了违约金或赔偿损失的，就要约定具体数额或计算方法。在约定违约金时，数额约定不能过高或过低，约定数额过低，损失得不到补偿，约定数额过高，会因数额过高得不到法律支持无法实现。一般而言，约定的违约金数额不能超出合同标的额，若一方的损失确实超过合同标的，可直接约定赔偿损失。

一、委托开发合作合同争议解决方式

1、如约定诉讼管辖法院，只能约定由被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、合同标的物所在地法院管辖，且只能约定其中一个法院管辖。如果约定不明确、选择两个以上法院管辖、或约定上述5个法院以外的法院，或既约定仲裁又约定诉讼的，这样解决争议的条款是无效的。

2、发生争议后当事人双方可以平等协商达成共识，也可以由人民调解委员会调解或者向人民法院起诉以及依约定申请仲裁。人民法院的裁判、调解以及仲裁机构的裁决、调解都是具有强制力；当事人双方协商达成的共识和人民调解委员会的调解没有强制力但是其效力等同于签订了新的合同。

3、如约定仲裁，应当明确约定具体的仲裁机构和仲裁事项。仲裁机构约定明确的标准为：仲裁机构所在地明确，同一地点有两个以上仲裁机构的应当写明约定的仲裁机构的详细名称。

二、委托开发合同的特征

1、委托开发合同的标的必须是双方当事人尚未掌握的技术成果。

委托开发合同的委托方通过开发方的研究开发，最终获得以图纸、产品设计等为载体的技术成果，这是委托开发合同与加工承揽合同的根本区别。加工承揽合同的标的是承揽方提供的劳务，而不包括在此过程中形成的劳务技术成果。同时委托开发合同的标的必须是技术合同当事人双方在订立合同时尚未掌握的技术成果，这是委托开发合同与技术转让合同的重要区别。技术转让合同的标的是合同双方订立合同时就已经存在的技术成果。

2、委托开发合同的委托方一般应当承担技术开发的风险。

通常情况下，合同双方会在合同中约定：委托人不仅有义务向研究开发方提供经费、支付报酬，还应该承担因现有科技发展水平等客观原因造成的技术开发失败的风险。

3、委托开发合同的研究开发方工作具有独立性。

委托开发合同的研究开发方是以自己的名义、技术、劳务独立进行研究开发工作。委托方所提出的技术经济要求规定了研究开发方的主要工作方向，但不能以此限制研究开发方的独立性。