(一)公司内部治理结构不完善

我国上市公司对中小股东的侵害主要来源于控股股东。据统计，即使股权分置改革全部完成，我国上市公司第一大股东平均持股比例依然超过40%。在这种特殊的股权结构下，容易形成内部人控制，董事会、监事会也往往被控股股东操纵而不能发挥其应有的作用。

1.股东大会制度不健全。股东大会是公司的最高权力机构，公司日常的重大经营事项都由股东大会决定.是中小股东参与公司经营管理、维护自身利益的重要渠道，是实现剩余控制权的重要途径。但在我国，股东大会很容易被控股股东操纵，中小股东很少参加股东大会，在修改公司章程，选举和罢免董事、监事，处理公司资产和业务等方面，控股股东可以一票否决，股东大会从一个民主决策机构演变为控股股东合法转移上市公司利益的。

2.董事会缺乏独立性。董事会产生于股东大会，股东大会受控于控股股东，因此，董事会成为控股股东的代言人。由于控股股东的特殊地位，董事长兼总经理的为数不少，控股股东利用对公司的控制权从上市公司转移利润，从事掠夺和侵害中小股东利益的活动。另外，董事会人员结构不合理，独立董事比例过小，且难以发挥应有的作用。独立董事大多数由控股股东提名，且半数上市公司未设专门委员会，独立董事行使职权缺乏支撑的平台，只是一种摆设。

3.监事会监督不力。监事会是公司内部专门行使监督权的监督机构，由股东代表和适当比例的职工代表组成，主要负责检查公司财务和对董事、经理违反纪律、法规的行为进行监督，在公司治理中处于和董事会并行的地位，直接向股东大会负责。监事会可以在中小股东无法行使“用手投票”机制期间保证董事会的决策和行为符合广大股东的利益，是保证控股股东与中小股东之问权力制衡的关键之一。但现实中，大部分监事都是由控股股东委派的，代表控股股东的利益，很难起到监督的作用。

(二)法律制度不完善

法律制度不完善主要表现在诉讼方式不合理，索赔困难。另外对违法者量刑太轻，处罚太少，违法成本低，不足以遏制违法动机。

根据相关法律规定，原告可以采取单独诉讼或共同诉讼方式起诉，对于人数众多且确定的共同诉讼可以采取代表人诉讼方式。证券市场投资者人数众多且地域分布广泛，单个投资者难以同强大的对方当事人相抗衡，单独诉讼和共同诉讼都存在许多不便之处。而人数确定的代表人诉讼因权限范围狭窄、效力仅具有问接扩张力、只对向法院登记的权利人有效、代表人产生方式单一、只能由登记的权利人推选产生等缺陷也不适合证券市场民事赔偿案件的特点。投资者在权益受到侵害时提起的诉讼许多都被上市公司用少量好处打发，达成庭外和解，即使有人胜诉，由于诉讼方式的限制，诉讼结果也不能使所有同期受损的投资者都得到补偿。流通股股东的分散性、诉讼机制的缺乏使投资者索赔极其困难。

(三)证券监管体系不健全

我国目前的监管模式尚未成熟，许多方面还存在不足(1)证监会的监管角色冲突，监管缺乏独立性。在我国，证监会承担了监管证券市场和发展证券市场的双重职责，必然会带来监管功能的紊乱。同时，证监会直接受政府领导，也会导致其在监督行为上独立性差。(2)缺乏对监管主体的约束。现行的集中型管理模式最大的缺点就是权力的集中导致官僚主义和监管非效率。监管主体得不到有效监督，很可能发生监管主体的“偷懒”行为，如果监管主体利用权力寻租，监管客体就容易对监管主体实施贿赂并取得成功，导致监管主体与监管客体之间的串谋。(3)监管执行力度弱，处罚力度过轻。我国证券市场存在的一个突出问题就是执法不严。不仅监管部门力度不够，《公司法》、《证券法》执行起来也软弱无力。在查获了上市公司的违法行为之后，往往只是进行通报和经济处罚，以罚代刑，未实质性引入刑事处罚。对于违法者来说，罚款的金额与其获得的收益相比是不值一提的，违法者违法成本很低，造成违法屡禁不止。法律对于违法者姑息纵容，相反对于受到巨额损失的中小股东来说，法院却以种种理由不予受理。

(四)中小股东自身的原因

中小股东受到侵害除了制度因素及保护措施不到位之外，也有中小股东自身方面的原因。(1)中小股东的“不作为”我国中小股东持股比例过低，分布极其分散，对公司信息的了解处于劣势，行使权利的成本过高，即便是股东大会的决议涉及到切身利益，出于“理智的冷漠”和“搭便车”心理，他们也很少参加股东大会，行使股东权利。因此，绝大多数中小股东怠于行使法律赋予的各项权利，给控股股东的侵害行为打开方便之门。(2)中小股东投机性强，投资盲目。我国中小股东数量众多，整体素质偏低。他们投资于上市公司的主要目的就是为了在二级市场上获取股票买卖价差，他们几乎不懂金融知识，不懂股票的实质，不注重股票的内在价值，把股市当作赌场，期望在股市上一夜暴富，凭小道消息进行股票买卖，不进行基础分析，大多数存在盲目的从众心理，普遍以投机的心态炒作，因此，很容易被控股股东、庄家以及证券中介机构欺骗，成为股市操纵的最终受害者。他们在市场中追涨杀跌盲目操作的行为既加剧了市场的风险，又助长了操纵市场等违规行为。