合并公司与收购公司的主要区别是：

1、主体不同，合并主体是公司，收购主体是收购公司和目标公司的股东；

2、效果不同，合并的后果是公司实体的变化，收购的后果是目标公司控股股东的变化；

3、性质不同，合并是双方协商合作的结果，收购包括要约收购；

4、程序和法律适用不同。合并遵守《中华人民共和国公司法》，收购遵守《中华人民共和国证券法》。

收购公司的方式和流程

收购公司的方式如下：

1、现金收购。现金收购是一种单纯的购买行为，由公司支付一定数额的现金，从而取得目标公司的所有权。现金收购主要有两种方式：以现金购取资产和以现金购买股票；

2、用股票收购。股票收购是指公司不以现金为媒介完成对目标公司的收内，而是收购者以新发行的股票替换目标公司的股票；

3、承担债务式收购。在被收购企业资不抵债或资产和债务相等的情况下，收购方以承担被收购方全部或部分债务为条件，取得被收购方的资产和经营权。

收购公司的流程如下：

1、制定公司发展规划；

2、确定并购目标企业；

3、收集信息，初步沟通，了解目标企业的意向；

4、协商确定基本原则，签订意向协议；

5、提交立项报告；

6、向公司报告；

7、向上级主管部门报告。

法律依据：《中华人民共和国公司法》第七十四条

有下列情形之一的，对股东会该项决议投反对票的股东可以请求公司按照合理的价格收购其股权：

（一）公司连续五年不向股东分配利润，而公司该五年连续盈利，并且符合本法规定的分配利润条件的；

（二）公司合并、分立、转让主要财产的；

（三）公司章程规定的营业期限届满或者章程规定的其他解散事由出现，股东会会议通过决议修改章程使公司存续的。

自股东会会议决议通过之日起六十日内，股东与公司不能达成股权收购协议的，股东可以自股东会会议决议通过之日起九十日内向人民法院提起诉讼。

《中华人民共和国公司法》第一百七十四条公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。

《中华人民共和国公司法》第一百七十三条公司合并，应当由合并各方签订合并协议，并编制资产负债表及财产清单。公司应当自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上公告。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，可以要求公司清偿债务或者提供相应的担保。