根据国税函(2010)79号第三条规定：“企业转让股权收入，应于转让协议生效且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。”

上述文件明确了纳税义务发生时间以及如何计算股权转让所得，股权转让所得=转让股权收入—取得该股权所发生的成本。

转让股权收入包括货币和非货币形式的收入，对于非货币形式的收入根据企业所得税法实施条例第十三条之规定，应按照公允价值确定收入金额，公允价值，是指按照市场价格确定的价值，实务中在没有可供参考的市场价格的情况下，可依据评估价格确定。

对于取得股权所发生的成本的理解，应结合企业所得法实施条例第71条中关于投资资产计税基础的规定：通过支付现金方式取得的投资资产，以购买价款为成本;通过支付现金以外的方式取得的投资资产，以该资产的公允价值和支付的相关税费为成本。而根据财税(2014)116号文件之规定，若该非货币性资产的转让所得存在递延的情况，则相应股权成本也应该进行调整而非一次性将该非货币性资产的公允价值全额计入股权成本。

如果我们能够很好地理解投资资产计税基础的规定，则能很好地理解为什么在计算股权转让所得税时不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额，以及国税函(2010)79号文件中第4条的规定：“被投资企业将股权(票)溢价所形成的资本公积转为股本的，不作为投资方企业的股息、红利收入，投资方企业也不得增加该项长期投资的计税基础。”而对于以未配利润转增股本的情况，是否可以相应增加计税基础，文件并未规定，但实务中各地税务机关大部分均认为未分配利润转增股本应划分为两步理解：1)分配未分配利润;2)股东用分配所得的利润增加投资，由于符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资所得免税，因此在这个环节法人股东无需缴纳企业所得税，同时可以相应增加股权投资成本。

因此，在存在较大的可供分配利润的情况下，先分配后转让股权可以节省较大的税收。

一、特殊形式的股权转让所得税的处理

(一)、股权转让对价为非货币资产

很多情况下，企业转让股权取得的对价并非全部为货币资金，很可能为股权、资产等非货币性资产，则此等情况下，很可能满足财税[2009]59号文件中特殊性税务处理的条件，股权转让方可暂不确认相应的转让所得，获得递延所得税的效果。具体详见财税[2009]59号文，及财税[2014]109号文。

(二)、投资企业撤回或减少投资的税务处理

根据国家税务总局公告2011年第34号第五条之规定：“投资企业从被投资企业撤回或减少投资，其取得的资产中，相当于初始出资的部分，应确认为投资收回;相当于被投资企业累计未分配利润和累计盈余公积按减少实收资本比例计算的部分，应确认为股息所得;其余部分确认为投资资产转让所得。被投资企业发生的经营亏损，由被投资企业按规定结转弥补;投资企业不得调整减低其投资成本，也不得将其确认为投资损失。”

(三)、企业转让上市公司限售股有关所得税处理

具体参见国家税务总局公告2011年第39号的规定，该文件对于由个人出资而由企业代持的限售股，企业在转让时的所得税问题作出了明确规定：企业以限售股转让收入扣除限售股原值和合理税费后的余额为该限售股转让所得(不能准确计算该限售股原值的，主管税务机关一律按该限售股转让收入的15%，核定为该限售股原值和合理税费)，企业按规定完成纳税义务后的限售股转让收入余额转付给实际所有人时不再纳税。

(四)、创投企业投资成本扣除优惠政策

根据企业所得税法实施条例第97条以及国税发(2009)87号文的规定：“创业投资企业采取股权投资方式投资于未上市的中小高新技术企业2年以上的，可以按照其投资额的70%在股权持有满2年的当年抵扣该创业投资企业的应纳税所得额;当年不足抵扣的，可以在以后纳税年度结转抵扣。”因此，在设置创投企业股权转让时点时要充分考虑该优惠政策。