首先，遇到员工擅自离职的，用人单位应当以书面形式送达通知书，限定员工在指定是时间内回公司上班，并提出如限期内不上班的处理措施。

其次，当员工擅自离职达到可以辞退的标准时侯，用人单位应当将解除劳动关系的事宜公开，并以书面形式送达离职通知书给员工，通知其前来办理交接工作以及离职手续。

至于通知书的送达，用人单位应采取挂号信或EMS形式，将通知书送达至员工信息登记的住址、身份证地址，或者经济联系人地址，并保存好回执。送达日期，以签收日期为标准。若员工不签收，或邮寄信被退回，用人单位应当完好保留邮寄信，如有争议发生，至开庭时方才当仲裁员的面打开邮寄信，以证明用人单位履行了通知义务和用人单位解除劳动合同的意愿。必要时，用人单位可以在报纸上登声明，自通告之日起满30天视为送达。

另外，如果员工违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制的，造成用人单位损失的，用人单位可以申请仲裁，要求员工赔偿损失。如果用人单位为员工支付了培训费用，而员工未到期离开的，用人单位可以要求劳动者赔偿培训费。如果员工未与公司办理离职手续就到其他公司上班，造成原公司损失的(有实际数字证据)，公司可以要求员工赔偿损失。如果擅自离职，没有办完合法手续，出现相关劳动方面问题，劳动者需承担一部分责任，员工要离职法律程序，是维护自身权益的最好方式。

一、员工擅自离职工资是否扣发工资

劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时，一次付清劳动者工资。

劳动合同即将到期终止，恰遇员工生病，劳动合同需法定顺延，那么顺延期间公司是否需要与员工签订一份书面的劳动合同，如果不签订，是否需承担不签合同双倍工资的法律责任？

劳动者患病或者非因工负伤，劳动合同应当续延至医疗期满时才能终止。所谓顺延，是指劳动合同要按照原先的内容再履行一段时间。由于是法定的顺延，即相当于在顺延期间，也是在履行劳动合同，双方不需要另行签订书面合同，用人单位也不用承担不签合同的法律责任。如果遇到这种法定顺延的情形，可以向劳动者发出一份书面的顺延通知，这样比较有利于避免争议的发生。员工患病且医疗期已过，劳动合同到期用人单位不续签，那么除了经济补偿外，用人单位是否还要支付医疗补助费？

劳动者患病或者非因工负伤，合同期满终止劳动合同的，用人单位应当支付不低于六个月工资的医疗补助费；对患重病或绝症的，还应适当增加医疗补助费。