目前大多数人认为，行政合理性原则不能适用于司法机关所主持的行政诉讼活动。理由主要是我国《行政诉讼法》第五条规定：“人民法院审理行政案件，对具体行政行为是否合法进行审查。”

相关法律常识：

首先，从程序的角度来看。程序合法是行政合法性原则的一个重要方面。这是因为随着个人在国家权力运行中主体地位的确定，行政程序不仅是实现行政目标的工具，更是制约行政权力滥用的重要保障。行政程序在此层面上，成为保证行政过程公正、制约行政权力滥用的重要保障。可见，程序法定对于权力制约和权利保障有着极其重要的意义。但是遗憾的是，我国迄今为止还没有一部统一的行政程序法，对行政机关的办事程序规定基本的原则和规则。即使在某些行政管理领域或者行政管理事项上，程序规则可能已经比较完备，但是在其他领域或事项上，依然停留在少有规则可循甚至无规则的状态。即使少数领域有程序规则，但是由于行政自由裁量权的存在，仍然有滥用权力侵犯相对人权利的危险。忽略法律程序规则的做法，把行政法视为行政机构手中凸现其国家本位的工具，而全不考虑自然公正或程序合法”。例如我国《行政处罚法》对行政机关作出行政处罚前的事先告知程序并没有具体的形式规范和具体要求，行政机关对此往往有较大的行政裁量权。而这种行政程序裁量的存在及其裁量结果就其性质而言无疑是合理性问题。在这种情况下，法院运用合理性审查原则来审查行政行为，可以弥补合法性审查的形式法治主义的不足，对行政机关的肆意和滥用职权等行为加以调控和矫正。在少有规则可循甚至无规则的领域，法官运用合理性审查的原则，可以从自然正义和正当程序的角度给当事人较大程度的权利救济。

其次，在行政审判中运用合理性原则是对实质正义的追求，是克服僵化死板的法条主义的体现，是对形式法治主义的超越。在审判实践中经常会遇到合理不合法或合法不合理的问题，在“合法”与“合理”之间很难作出选择。而现实中最大的问题在于形式法治存在着制度与现实的巨大紧张。对法院来说，最保险的办法是寻求制定法的明确规定，以之作为判决的唯一依据。当固守制定法的时候，有时显得苛刻而不近人情;而一旦没有法条的相应规定，对行政机关也对法院可能毫无羁束，尽管在现实中制定法常常能够为法律决定的正当性提供巨大屏障，但面对合法不合理的现象，法律决定的正当性不可能仅仅建立在形式理性的挡箭牌下，法院也很难以制定法有规定或者有缺陷为由，而拒绝实质合理的要求。从这个意义上说，法院在审判中运用合理性审查的原则来对行政行为进行审查无疑是一种必要。因此人民法院在行政合法性原则与行政合理性原则的互动关系上进行深化理解，并在行政行为司法审查和司法监督的广度与深度上，适度加以调整，在司法视野从传统的形式上的合法性审查原则的简单执行，向现代的实质的合法性审查扩展，让现代司法审查理念在行政法官中得到萌芽并生长。