没有法定职权并没有通过法定程序擅自调查的行为是违法的。

一、我方已经认定书下来对方应该怎么办

《中华人民共和国行政复议法》第二十八条行政复议机关负责法制工作的机构应当对被申请人作出的具体行政行为进行审查，提出意见，经行政复议机关的负责人同意或者集体讨论通过后，按照下列规定作出行政复议决定:（一）具体行政行为认定事实清楚，证据确凿，适用依据正确，程序合法，内容适当的，决定维持；（二）被申请人不履行法定职责的，决定其在一定期限内履行；（三）具体行政行为有下列情形之一的，决定撤销、变更或者确认该具体行政行为违法；决定撤销或者确认该具体行政行为违法的，可以责令被申请人在一定期限内重新作出具体行政行为:1.主要事实不清、证据不足的；2.适用依据错误的；3.违反法定程序的；4.超越或者滥用职权的；5.具体行政行为明显不当的。（四）被申请人不按照本法第二十三条的规定提出书面答复、提交当初作出具体行政行为的证据、依据和其他有关材料的，视为该具体行政行为没有证据、依据，决定撤销该具体行政行为。行政复议机关责令被申请人重新作出具体行政行为的，被申请人不得以同一的事实和理由作出与原具体行政行为相同或者基本相同的具体行政行为。

二、非法取证能作为证据吗

非法取证不能作为证据。我国有非法证据排除的规则，如果某样证据被认定为非法取得，则不可以作为认定案件事实的证据。其中非法证据包括：执法机关违反法定程序制作的调查收集的证据材料；在超越职权或滥用职权时制作或调查收集证据材料等；执法机关以非法的证据材料为线索调查收集的其他证据。

三、自诉罪立案后证据不足怎么办？

立案后证据不足的，应分别情况，从以下几个方面入手解决：1、在被害人或者其法定代理人因客观原因不能自行收集证据的,经向人民法院申请,人民法院应当依职权调查收集。依职权调查收集后证据充分的,应当开庭审理,仍然缺乏证据的,说服自诉人撤诉或者裁定驳回起诉。2、被害人或其法定代理人没有向人民法院申请调查收集证据的,人民法院应当说服自诉人撤诉或者裁定驳回。其理由首先是这类案件的自诉人已经向人民法院提起诉讼但案件的证据不足,它不属于没有告诉或者撤回告诉的情况;其次是经自诉人申请人民法院依职权调查收集证据，并不等于“控审不分”、“侦审不分”,人民法院依职权调查收集的行为不属于侦查行为,属于人民法院职权行为。