一、间谍罪由哪个法院判决

依据刑事诉讼法的规定，对于危害国家安全的刑事犯罪，由中级法院进行一审的审理，所以间谍罪由中级法院进行一审判决。

《中华人民共和国刑事诉讼法》

第二十一条中级人民法院管辖下列第一审刑事案件：

(一)危害国家安全、恐怖活动案件;

(二)可能判处无期徒刑、死刑的案件。

二、间谍罪应当如何认定

1、行为人实施的间谍行为，必须是针对中华人民共和国，对国家安全造成危害的，否则，不构成间谍罪。本条对构成间谍罪的间谍行为作了限制性的规定，即行为人实施的间谍行为必须是危害我国国家安全的。行为人虽实施了间谍行为，若这种行为不具有危害我国国家安全性质的，则不能按间谍罪论处。例如，行为人虽参加了间谍组织，具有间谍身份，但该人参加间谍组织是为了针对其他国家，负有针对其他国家的间谍任务，而并不是针对危害中华人民共和国国家安全而参加间谍组织的，对这种人就不能按间谍罪予以追究。

2、要把参加间谍组织的间谍分子同这些组织中的非间谍分子加以区别。所谓非间谍分子，是指间谍组织中未履行参加间谍组织的手续，也未进行间谍活动的工程技术、一般勤杂、医务、传达、庶务等人员。这些人员虽然也来我国旅游、探亲、学术交流、经贸洽谈等，但没有进行间谍活动的，不能按间谍罪予以追究。

3、行为人参加间谍组织，接受了间谍组织及其代理人任务后，又去实施所接受的任务，诸如，进行窃取、刺探、收买、非法提供国家秘密或进行如暗杀、放火、爆炸、投毒等破坏活动的行为(称其他犯罪，，应如何处理了是以间谍一罪论处，还是按间谍罪与其他所犯的罪数罪并罚?对此，有不同意见。一种意见认为，行为人接受间谍组织及其代理人的任务而进行其他犯罪的;依法构成间谍罪与其他所实施的犯罪，予以并罚。理由是行为人所实施这些犯罪已超出了间谍罪的构成要件范围，应单独处罚，予以数罪并罚;另一种意见认为，对于接受间谍组织及其代理任务而进行其他犯罪的，只构成间谍罪，而不构成数罪给予并罚。理由是，接受任务的行为与完成任务的行为之间存在着内在的事实上的联系性。并且，要实施完成任务的行为的故意在行为人接受任务时一并客观存在。