对医疗损害赔偿案件进行鉴定的机构有两种：一种是依据《条例》委托医学会对是否构成医疗事故的医疗事故技术鉴定。根据《条例》的规定，医疗事故鉴定的组织者是卫生行政部门所属的医学会，也是当事医院的上司，形成了“老子给儿子鉴定”的局面。而且医学会的一个主要责任就是监督下属医院是否违反了规章制度和技术操作规程，如果鉴定构成医疗事故，也就间接判定自己的错。并且鉴定人不在鉴定书上签名，实行集体负责制导致责任不明确，鉴定专家不出庭接受质询等，这些问题的存在使得患方对医疗事故技术鉴定结论的公正性产生质疑，往往提出重新鉴定和再次鉴定的申请，有的案件进入到诉讼程序，患方又要求进行医疗过错的司法鉴定。甚至个别案件同时做过两次医疗事故技术鉴定和两次医疗过错的司法鉴定，不但耗费了大量的鉴定资源及司法资源，也耗费了不少金钱和精力，给法官审理案件增添不少困难。医疗纠纷鉴定要做到令人信服，必须保证程序上的合法、公正，如果程序出现问题，那么医疗纠纷鉴定不管内容上多么正确，都有可能被推翻否定。

另一种是依据2005年2月第十届全国人民代表大会常务委员会第十四次会议通过的《全国人大常委会关于司法鉴定管理问题的决定》，委托法医对医疗过错进行的司法鉴定。司法鉴定在启动的程序、鉴定人员的组成、鉴定的方式、鉴定的内容和鉴定所要解决的问题以及鉴定的监督方式等均不相同，必然会造成两种鉴定结论在司法诉讼中的不同“采信率”。法官采信司法鉴定的机会要多一些.由于赔偿标准的不同，患方多会申请司法鉴定;担心一旦鉴定为医疗事故可能会受到行政处罚和刑事处罚的医疗机构宁愿多承担赔偿责任也会申请司法鉴定。司法鉴定已成为医疗损害赔偿案件鉴定的一个趋势。

笔者认为，在法律上应当确认医疗损害责任鉴定是司法鉴定的性质，改变传统观念中固守的医疗事故鉴定是医学鉴定的认识。法官应当享有全面的医疗损害责任司法鉴定的决定权、组织权和审查权.这样法宫在审理医疗损害赔偿案件时才能享有真正的主动权，发挥医疗损害责任鉴定结论作为证据为诉讼服务的作用，为案件审理过程中遇到的疑难问题提供帮助。由于这种医疗损害责任鉴定制度实行鉴定专家个人负责制，鉴定专家在必要时需要出庭接受当事人和法官的质询，对其作出的鉴定结论进行解释和论证。因此，鉴定专家会充满责任心，从而可以减少和防范鉴定结论不公的现象。

有必要指出的是，由于医学鉴定通常是由医学理论扎实和临床经验丰富的医学专家担任，即具有临床资格的医师鉴定才更合理，其出具的鉴定结论更具有专业性、权威性。而法医作为鉴定人并未要求具备高级技术职称。法医学和临床医学是两个不同的领域，法医不是临床医师，也不具备临床医师的执业资格，其所掌握的知识结构缺乏相应的临床医学知识作为支撑，同时对本应具备的丰富临床经验又相对匮乏，并不能解决临床诊疗中遇到的问题。即便其想作出科学、公正的鉴定结论，也是心有余而力不足。因此，笔者主张，对医疗损害鉴定有必要吸收临床医学专家作为司法鉴定人员，进行医疗过错的司法鉴定，或者至少法医不要单独进行鉴定，一定要辅以临床专家共同鉴定，作出的鉴定结论才能达到形式正义和实质正义的统一。