对单位犯罪自首的认定，需要把握以下三个方面的问题：

1、自动投案的实施者只能是其直接负责的主管人员或其他直接责任人员，而不能是单位本身。既然刑法将上述人员的有关犯罪行为作为单位犯罪处理，其自动投案行为实质上也代表了单位。

2、必须如实交代单位的罪行。单位的罪行是所有涉案的直接负责的主管人员和其他直接责任人员的行为的综合体。因而投案者除了必须如实供述自己的犯罪行为外，还必须交代其所知道的所有其他人员的犯罪行为，否则不能从宽处罚。

3、关于单位意志的认定是单位自首之关键所在，它必须是单位整体意志的集中体现，即以单位的名义，且经过单位集体研究决定或者由其负责人员决定，如果单位内部在自首问题上有异议，适用少数服从多数原则来认定。

4、在认定单位犯罪自首时应注意，在判决书中应明确记载成立自首的是单位而非自动投案人员，以示区别。

一、单位犯罪的基本特征

1、单位犯罪的主体的法定性。所谓的单位犯罪主体法定性具有以下两层含义：一是单位犯罪主体范围是法律明确规定的，不是任何单位或者组织都可以作为单位犯罪主体构成单位犯罪的。二是某一具体单位犯罪罪名的犯罪主体是法定的。有的单位犯罪的主体法律规定必须是特定的，如刑法第387条规定的单位受贿罪的犯罪主体只能是国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体，其他单位不能构成本罪的主体。

2、单位犯罪的意志的整体性。单位意志不是单位内部某个成员的意志，也不是各个成员意志的简单相加，而是单位领导集体或者代表单位整体利益的成员在领导、指挥、决策、执行过程中形成的具有单位整体性的意志，即单位的整体意志。

3、单位犯罪利益的整体性。单位的利益即包括非法利益也包括合法利益。

关于单位犯罪谋取的利益是否包括合法利益这一问题上存在不同的争议。有的认为，单位犯罪是为本单位谋取利益或者以单位名义为本单位全体成员或多数成员谋取非法利益的行为。为单位谋取合法利益的行为，不可能成立任何犯罪。

我们认为，单位的故意犯罪是在希望或者放任危害结果发生的意志因素支配下实施的危害行为，这时单位犯罪所谋取的利益自然具有非法性。然而，单位的过失犯罪行为就不能一概而论。在单位的过失犯罪中，有的引发犯罪的因素是基于谋取非法利益，如在工程重大安全事故罪中施工单位为了偷工减料，造成工程重大安全事故的，是属于谋取非法利益形成的单位过失犯罪；有的单位过失犯罪引发的犯罪因素并不是基于谋取非法利益，而是从事常规的生产经营活动或者履行常规的工作职责过程中发生的单位过失犯罪就不能理解为单位是为了谋取非法利益。

4、单位犯罪罪名的法定性。单位只能作为刑法明确规定范围内罪名的犯罪主体，但不能作为只能由自然人实施的犯罪主体，如不能作为故意杀人罪、重婚罪、抢劫罪、贪污罪等罪名的犯罪主体。

二、单位犯罪的处罚

1、单位犯罪的刑罚根据

我国刑法从刑法总则和分则两个方面规定了单位犯罪的处罚根据：一是刑法第二章第四节中的第31条明确规定了单位犯罪的刑罚原则；二是在分则的十大类犯罪中有九类犯罪规定了具体的单位犯罪罪名的刑罚种类和量刑幅度。刑法总则和分则共同形成了单位犯罪的刑罚体系和依据。

2、单位犯罪的刑罚原则

我国《刑法》第31条规定：单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。本法分则和其他法律另有规定的，依照规定。这说明我国刑罚在处罚单位犯罪时，原则上采取双罚制，同时也不排除法律特殊规定的单罚制。

所谓双罚制又称两罚制，是指对于单位犯罪的，既对单位判处罚金，又对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。在我国刑法中对绝大多数的单位犯罪实行的是双罚制。

所谓单罚制又称代罚制，是指对单位犯罪的，不判处单位罚金，只对其直接负责的主管人员与其他直接责任人员判处刑罚。例如《刑法》第396条规定：国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体，违反国家规定，以单位名义将国有资产集体私分给个人，数额较大的，对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员处三年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金，数额较大的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。这就是单罚制的一个典型的立法例。

由此可见，我国刑法对单位犯罪是实行双罚制为主，单罚制为补充的处罚原则。