当前农村土地管理产权状况复杂、承包关系不清、权属争议较多等现象突出，它们盘根错节、相互交织，阻碍了农村土地承包经营权的确权。归纳起来，农村土地确权存在的问题主要有：

（一）承包地确权基础不牢。农村二轮土地承包中，少数乡村干部对承包政策操作不规范，落实不到位，村民之间，集体与个人之间土地遗留问题关系错综复杂，权属信息不明确;致使部分《农村土地承包经营权证》没有及时分发到户，出现“有地无证、有证无地、一地多证、一证多地、无地无证”等现象，给当前确权工作增加了难度。

（二）农村土地承包经营权确权带来纠纷不少。农村部分土地多轮流转、建设用地占用农田、农转非以及婚丧嫁娶分户等人口变动而土地未动、农户间互换田块、地力肥瘦折扣面积有的地方农民约定以村小组、自然村等为单位，三五年对承包地做一次调整，导致实际土地承包经营状况与确权发证的情况不相吻合，有“增人不增地、减人不减地”30年承包期甚至更长时间不变的政策，难解现实需求。部分承包地面积“人为缩水”、农民自行开荒耕地，需要确定“新增”土地的承包权属对象等引发的土地纠纷问题相对突出，协调利益难度大。

（三）确权工作量大，需要投入大量的人力、财力。二轮承包时基本都是靠竹竿和皮尺传统方法丈量，确权登记颁证则要求测绘精准、程序规范，主要是依据GPS现场测量定位，甚至要采用航拍彩图、鱼鳞图测绘等现代技术，投入大;调查摸底、影像解释、制作地图、信息录入等工作流程，需要村民到场见证签字，解决现实问题需要村民多轮开会协商，费时费力，村民和外出务工农民参与积极性不高。

（四）农民的心理因素不能忽略。一是部分村民希望通过确权颁证弥补减损的土地面积，原来一直没有解决的问题能够得到解决。二是部分村民实际种植土地面积大于登记面积，希望借助新一轮确权登记增加惠农补贴。三也有人担心自己因户籍迁走而在确权颁证中失去土地。同时，也有一些别有用心的人，借农村土地确权颁证工作大讲土地私有化，侵犯农村集体经济组织利益的利益。