1、有利于降低污染控制成本、提高经济效率。因为每个企业的污染治理水平不一样，对于有的企业来说治理污染所花费的成本太高，在国家允许实行排污权交易的情况下，控制污染成本较低的排污者将发现自己控制污染比在市场上购买排污权更便宜，而控制污染成本较高的排污者则发现在市场上购买排污权比自己控制污染更合算，于是排污权就可以在污染控制成本不同的排污者之间进行交易，从而实现双赢的局面，有利于整个社会的污染控制成本达到最低，同时保证了企业的利益，促使市场经济的高效发展。

2、有利于经济的发展。实行排污权交易，使得控制污染成本较高的排污者能够通过购买排污权继续生存下去而不必花费巨额去实现法律或政府规定的排污权指标，集中财力和精力进行生产经营，而控制污染成本较低的排污者则通过自身的有效污染治理产生更多的排污权，并通过市场将多余的排污权通过买卖获取利益。这个措施使得在环境容量饱和的情况下，新建或扩建企业可以通过购买排污许可证自由进入某一个地区，老企业可以将富余的排污指标有偿地转让给新企业，使之在环境容量内获得一定的排污权，这样既促进了区域经济持续发展，又调整了产业结构，既能充分发挥富余排污指标的经济社会效益又保存了新生企业的生存条件。

3、有利于技术水平的提高。排污权交易允许企业间在符合法律规定条件下自由转让排污权，赋予企业自由选择权，既可以自身努力实现环境排污治理，也可以通过购买排污权来实现污染治理指标，改变了以往企业消极、被动地接受政府管理的方式。如果因改进治理污染技术而节省的费用大于购买许可证的话，企业就会因技术革新而提高竞争力，同时那些采用低污染生产工艺的企业还可以将剩余的排污权用来出售以获利，这样就会对污染企业提供连续的反刺激，鼓励企业采取更有效的技术工艺来减少污染。面对潜在的更大的需求市场，新技术供应商也会更加乐意投资开发新技术，因为供求双方的积极性都很高，因此，这将会加速新技术的发展。

4、排污权交易更有利于政府环境管理职能的实现。通过制定排污权交易，政府制定税率或收费标准时，不必去了解企业的污染控制技术和成本，也不需要进行税率或收费标准的调整，只要企业达到排污指标就可以。这不仅减少了政府环境管理的费用，而且还有助于赋予企业更多的自主经营权，减少对生产的干预和经济的波动，提高市场经济效率，有利于调动企业积极性，主动配合国家环境保护行政主管部门的管理活动，所以排污许可证制度是现代市场经济制度发展的一大进步的表现。