一、股权代持协议是否有效的风险

公务人员违反《中华人民共和国公务员法》等有关规定，以股权代持的形式经商的；外商为规避外资准入政策，通过与境内企业或个人签订股权代持协议，以隐名股东身份投资于外商投资企业法律和政策禁止或限制外商进入的行业的，实际出资人规避我国法律的禁止性规定，以名义名股东对目标公司进行投资的；以合法的形式掩盖非法的目的，如行贿。

二、显名股东恶意侵害隐名股东权益的风险

在一般的股权代持关系中，实际出资人隐于幕后，名义股东则接受隐名股东委托，在台前代为行使股东权利，由于各种原因，显名股东很可能违反股权代持协议之约定，侵害隐名股东利益，其主要情形包括：名义股东不向实际出资人转交投资收益，名义股东滥用股东权利，如协议约定重大决策事项未经协商，名义股东擅自处置股权(转让、质押)，侵害隐名股东的知情权等等。如果实际投资人能在公司安排自己或自己委托的人进入董事会或做企业高管，知情权的问题会得到解决。

三、实际出资人难以做显名股东、无权向公司主张权益的风险

虽然《公司法司法解释(三)》第二十四条原则上肯定了股权代持协议的法律效力，但投资权益并不等同于股东权益，投资权益只能向名义股东主张，而不能直接向公司主张，存在一定的局限性。

实际出资人如果想从幕后走到台前成为法律认可的股东，代持协议只是第一步，根据《公司法解释(三)》第二十四条规定，必须经过公司半数以上股东同意，实际出资人方可请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记。

四、名义股东的债权人对名义股东股权被强制执行的风险

在股份代持结情况下，股份登记在名义股东名下，其在法律上将被视为名义股东的财产，如果第三人对名义股东有债权并获得针对名义股东的法院生效判决，该第三人提出针对代持股份的执行请求，在这种情形下，实际出资人能否以其系实际出资人为由对抗该第三人的执行请求(提出执行异议)在法律上没有明确规定，因而存在极大的法律风险。

五、存在股权代持关系的公司面临的风险

公司股权存在代持关系不但会使实际投资人、名义股东各种不确定的法律风险，同样会使相关公司面临不确定的法律风险。

公司在资本市场融资面临法律障碍。在中国证券资本市场包括新三板挂牌，股权代持是企业绝对的红线，证监会在上市审核实践中全面严格禁止股权代持，代持几乎成了令监管机构、中介机构、上市公司都谈虎色变的雷区。《首次公开发行股票并上市管理办法》中规定：发行人的股权清晰、控股股东和受控股股东、实际控制人支配的股东持有的发行人股份不存在重大权属纠纷。股权清晰成为证监会禁止上市公司出现代持现象的理论依据。目前，上市公司的控股股东需要披露到自然人，且不允许代持。

公司面临强制注销风险。这种风险主要存在于外商作为实际出资人的股权代持情况，根据我国相的关法律法规，外商投资企业必须经相关部门批准才能设立。为规避这种行政审批，存在一些外商投资者委托中国境内自然人或法人代为持股的情形。这种情况下，如果发生纠纷，根据相关审判实务，相关代持协议效力能够得到认可，但实际出资人不能直接恢复股东身份，需要先清算注销公司，再经相关部门审批设立外商投资企业。