一、检察院申诉超出两个月如何处理

依据我国相关法律的规定，检察院决定案件退回补充侦查两次后，两个月内不还起诉，如果不符合起诉条件的，检察机关应该作出起诉的决定，如果检察机关不起诉，又不作出不起诉决定的，当事人可以申诉。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。

人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。

对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。

补充侦查以二次为限。

补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。

对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。

二、检察院决定不起诉案件如何处理

检察院不起诉后的处理如下：依照刑事诉讼法的规定，应当公开宣布不起诉的决定书，同时应当将不起诉决定书分别送达下列机关和人员：

1、被不起诉人和他的所在单位。如果被不起诉人在押的，应当立即释放。

2、对于公安机关移送起诉的案件，应当将不起诉决定书送达公安机关。

3、对于有被害人的案件，应当将不起诉决定书送达被害人。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条

有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：

（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；

（二）犯罪已过追诉时效期限的；

（三）经特赦令免除刑罚的；

（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；

（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；

（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。

三、案子到了检察院能如何处理

在刑事案件由侦查机关侦查终结，向检察院移送审查起诉后，检察院会根据具体案情进行处理。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十条人民检察院对于监察机关移送起诉的案件，依照本法和监察法的有关规定进行审查。人民检察院经审查，认为需要补充核实的，应当退回监察机关补充调查，必要时可以自行补充侦查。对于监察机关移送起诉的已采取留置措施的案件，人民检察院应当对犯罪嫌疑人先行拘留，留置措施自动解除。人民检察院应当在拘留后的十日以内作出是否逮捕、取保候审或者监视居住的决定。在特殊情况下，决定的时间可以延长一日至四日。人民检察院决定采取强制措施的期间不计入审查起诉期限。

《中华人民共和国刑事诉讼法》（2018修正）：第五章　证据　　第五十八条　法庭审理过程中，审判人员认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，应当对证据收集的合法性进行法庭调查。\n当事人及其辩护人、诉讼代理人有权申请人民法院对以非法方法收集的证据依法予以排除。申请排除以非法方法收集的证据的，应当提供相关线索或者材料。