合伙合同纠纷一般可以选择协商结算或者是到人民法院起诉结算。合伙协议纠纷案件处理具体如下：

正确地把握处理合伙协议纠纷的几个基本原则

1、掌握合伙的最本质特征。

个人合伙是指两个以上公民按照协议，各自提供资金、实物、技术等合伙经营、共同劳动。并要求合伙人对出资数额、盈余分配、债务承担、入伙、退伙、合伙终止等事项，订立书面协议。合伙的债务，由合伙人按照出资比例或者协议的约定，以各自的财产承担清偿责任。

2、合伙协议不允许约定一部分人只享受利益，不承担风险。

《合伙法》第三十三条规定，“合伙企业的利润和亏损，由全体合伙人依照合伙协议约定的比例分配和分担；合伙协议末约定利润分配和亏损分担比例的，由各合伙人平均分配和分担。合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人或者由部分合伙人承担全部亏损。”

3、合伙人退伙，必须经过全体合伙人同意，如果不经同意，因退伙给合伙人造成损失的要赔偿。

4、全体合伙人对合伙的外部债务承担连带责任。

也就是说合伙对外有债务时，以合伙财产承担，合伙财产不足以清偿债务时，全体合伙人以自己个人财产承担责任。

5、合伙投入合伙的财产和合伙积累的财产归全体合伙人共有，共同管理，共同经营。

6、合伙的经营活动由全体合伙人共同决定，合伙人有执行和监督的权利。

7、合伙人散伙时在清理完各种税款后，清理对外债务，仍有剩余时，退还各自投资，还有财产时分取利润。

一、合同纠纷案件起诉时应提交哪些证据材料

当事人在向法院提起诉讼时，对自己提出的主张，负有提供证据证明其真实性的责任。如您对自己所提的主张不实施举证或证据材料无法证实其主张的，将承担不利的诉讼后果。在起诉第一审经济合同纠纷案件时，须提供下列一般证明、证据：

(1)企业法人、个人合伙、个体工商户的资格证明(营业执照原件，如是复制件，须与原件核对并加注明后，将原件退还)，开户银行和帐号。起诉状上的原、被告名称，须与营业执照、合同章相符合，如不一致或被告主体已变更、合并、关闭，需加以说明，并提供被告现在的准确所在地。

(2)法人的法定代表人、委托代理人的身份证明，授权委托书必须写明代理事项和代理权限。

(3)合同及与合同有关的文书、电报、信函(包括信封)、图表；变更、补充合同的协议、合同和其他附件，合同签订地及其证明材料。应提供原件，复制件须经过核对。

(4)送货、提货、托运、运输、验收、发票等凭证。

(5)货款、工程款、运输费、保管费、租赁费、转让费、劳务费、酬金等结算凭证和有关财务帐目的复印件。

(6)要求赔偿损失的依据及有关证明。