合同专用章有法律效力。根据法律规定，合同章一般代表合同的效力，而法人章可以认定为法人的签名，法人的签名也是代表合同效力的一种形式，一份合同当中既有合同章，又有法人章，并不影响合同的效力。此份合同有法律效力。合同专用章，单位对外签订合同时使用，可以在签约的范围内代表单位，单位需承受由此导致的权利义务；公章可以代替合同专用章使用。而关于合同专用章和公章的效力高下，实际上在使用过程中和司法实践中是一样的，对合同和协议而言具有同等法律效力。《合同》第三十二条规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时合同成立。对于盖合同专用章和公章没有做出明确的限定。但这不说明使用合同专用章签合同生效，公章签合同不生效。实际上，公司的合同专用章和公司公章，在代表该公司对外签订合同时，均产生法律效力。最高人民法院关于在审理经济纠纷案件中涉及经济犯罪嫌疑若干问题的规定（1998年4月9日最高人民法院审判委员会第974次会议通过法释〔1998〕7号）第四条规定可以印证这一点。“个人借用单位的业务介绍信、合同专用章或者盖有公章的空白合同书，以出借单位名义签订经济合同，骗取财物归个人占有、使用、处分或者进行其他犯罪活动，给对方造成经济损失构成犯罪的，除依法追究借用人的刑事责任外，出借业务介绍信、合同专用章或者盖有公章的空白合同书的单位，依法应当承担赔偿责任。但是，有证据证明被害人明知签订合同对方当事人是借用行为，仍与之签订合同的除外。”因此，法人合同专用章和公章在签合同时都是有效的，盖公章不影响合同效力。同时如果能够提供旁证证明签约时单位出于自愿，即使使用了不合格的章如财务专用章也可以认定合同等法律行为成立。此外，个人签字如法定代表人的签字在一定程度上也可以代表单位的意志。企业自行刻制的其它业务章，如物资进出库专用章等，还有企业隶属各级职能部门、基层单位的公章等等，这主要是在企业内部使用，一般来说，不能在企业的外部使用。这些内部章的加盖仅是该事实的确认。如果档案专用章盖在合同上，就不产生签订合同的法律效力。