清算程序中的各类问题与矛盾的解决有时需要求助于司法介入。就现有的企业清算方面法律规定而言，存在着不可诉现象，例如，企业营业执照被吊销后，企业的开办单位、主管单位或股东没有在规定期限成立清算组织，债权人或股东如何通过诉权要求司法机关责令实施强制清算;清算组未尽清算职责组债权人或股东债权的实现带来损害如何通过诉权得以保障。现行法规对这些问题是否可诉问题的规定不明确，有权必有救济，没有司法救济的权利不是真正的权利，因此，在企业清算上，权利救济司法程序与实体权利内容同样重要。人民法院处理这类案件时首先是依法进行司法审查，审查对象包括前述清算程序中的各种问题。不过，法院并非对所有清算事项进行司法审查，因为只有进入诉讼程序的清算案件才涉及司法审查问题。因此首先必须明确法院对清算案件的司法管辖权，包括民事诉讼与行政诉讼两类，均需有利害关系的当事人启动诉讼程序后法院才具有管辖权。换言之，对于清算案件人民法院并不主动行使管辖权，而采用不告不理的原则。具体而言，人民法院处理有关清偿案件主要包括申请终止或解散企业、申请执行清算、申请撤销仲裁裁决和要求履行清算职责等。

1.申请终止或解散企业

在法院处理投资争议的案件中，尤其是合资纠纷案件中，原告一方的诉求通常包括终止合营合同或者解散企业的内容，甚至还有直接要求清算的诉求。这类案件涉及到清算的司法审查只限于审查企业是否符合法定的终止和清算的条件。我国司法制度允许通过民事判决(或者通过仲裁裁决)的形式进入清算。重要的问题是人民法院应当在判决主文中明确清算的义务主体包括组织清算的机构，并指明清算中应适用的法律。实践中的相关判决或裁决会出现如下表述：

(1)合资企业合同应予终止，合资公司依法组织清算;

(2)合作公司、合同及章程自裁决之日起终止。上述第(1)种表述中清算义务主体及适用法律不明;第(2)种表述中则根本未提及清算，均属不规范。

2.申请执行清算

这类案件的司法审查必须明确清算义务主体，实际的情况是：法院判决中已明确外商投资公司的双方股东，在判决生效后成立清算组对合资公司进行清算。但判决生效后双方当事人一直未予执行，因此当事人一方向原审法院提出申请，要求执行上述判决中对合资公司进行清算的内容。司法实践中对此类案件的处理有两种意见：一种意见认为根据生效判决，当事人有提起申请执行的权利，判决双方成立清算组是一种行为，可以立案。另一种意见认为：本案不符合申请执行的立案条件，因为法院不应组织清算，该申请事实上亦无法执行。所以尽管判决内容没有问题，但法院不宜立案执行。对于此类案件的处理，最高人民法院于1998年1月曾作出《关于审理中外合资经营企业合同纠纷案件如何清算合营企业问题》的批复。其内容为：中外合资经营企业一方当事人向人民法院提起诉讼，要求解散企业追究对方违约责任的，人民法院仅应对合营合同效力、是否终止合同、违约责任等作出判决。合营企业清算问题则应根据《中外合资经营企业法实施条例》、《外商投资企业清算办法》的有关规定办理，人民法院组织清算没有法律依据。国内有限责任公司有类似规定的应依据《公司法》的有关规定办理。

上述规定确定了一项原则，即人民法院不组织清算程序，因此不是清算义务主体，但只要判决中有依法进入清算的主文，当事人又申请执行的，法院应予立案，但执行的内容并非由法院组织清算，而是责令双方当事人组织进行普通清算，或者直接委托有关审批机关或主管部门组织进行特别清算。其法律依据依然是民事诉讼法的有关规定及最高法院的相关司法解释。

3.申请撤销裁决

当事人向人民法院申请撤销有关清算的仲裁裁决的案件，属于仲裁的司法审查，主要审查仲裁机构的裁决是否超载。例如某中港合作经营的实业有限公司，合作双方因出资等问题发生争议，因而申请仲裁。中国国际经济贸易仲裁委员会受理仲裁后的裁决结果是本案中的合作经营合同予以解除，并依法对合作公司进行清算。但港方对此裁决不服，以该裁决内容超出双方仲裁协议约定为由，向法院提出撤销裁决的申请。此案中的司法审查主要确定仲裁庭是否按照当事人申请仲裁事项仲裁，是否裁决了不该裁决的事项，如果仲裁庭的确违反仲裁程序规定，超越职权范围，则应裁定该清算裁决无效。

4.要求履行清算职责

此类案件属于行政诉讼，即当事人要求行政机关组织清算的而外资审批机构不愿组织清算，当事人便以该机构不履行义务或不作为违法为诉因而提起的行政诉讼案件。法院主要审查被告机关是否为适格主体，是否为外商投资企业审批机关，其行为是否构成不作为违法等问题。

此外，对于清算过程中发生争议的诉讼，主要指对债权确认，清算报告的异议(含财产分配方案)等争议。这类案件究竟属民事或行政诉讼尚有争议，但人民法院可依法受理，司法审查范围涉及到清算程序各方面问题，亦是司法实践中较常见的民事司法审查。