对于处理犯罪案件中的事实清楚、证据不足的情况,人民检察院可以补充证据并提交补充侦查报告。若无法补充证据,需说明情况。在补充侦查过程中,若发现新的同案犯或新罪行需要追究刑事责任,应重新制作起诉意见书并移送人民检察院审查。若发现原认定的犯罪事实有重大变化且不应当追究刑事责任,则应重新提出处理意见,并将处理结果通知退查的人民检察院。若人民检察院退回补充侦查不当,则应说明理由并移送人民检察院审查。

处理方式如下：

1.若原认定的事实清楚，证据不足，应在补充证据后，向人民检察院提交补充侦查报告。对于无法补充的证据，需作出相应的说明。

2、在补充侦查过程中，发现新的同案犯或者新的罪行，需要追究刑事责任的，应当重新制作起诉意见书，移送人民检察院审查。

3、发现原认定的犯罪事实有重大变化，不应当追究刑事责任的，应当重新提出处理意见，并将处理结果通知退查的人民检察院。

4、原认定犯罪事实清楚，证据确实、充分，人民检察院退回补充侦查不当的，应当说明理由，移送人民检察院审查。

补充侦查过程中如何处理新发现的同案犯或新罪行？

在补充侦查过程中，如果侦查机关发现了新的同案犯或者新罪行，需要及时处理。根据我国《刑事诉讼法》的规定，侦查机关应当对新的同案犯或者新罪行进行讯问，并收集相关证据。如果符合起诉条件，侦查机关应当向人民法院提起公诉。

另外，《刑事诉讼法》还规定了补充侦查的程序。在侦查期间，如果侦查机关发现案件需要补充侦查，应当重新计算侦查羁押期限。补充侦查以两次为限，补充侦查完毕移送人民检察院后，侦查羁押期限重新计算。

对于补充侦查的案件，人民检察院应当自收到侦查机关移送的案卷材料后，一个月以内补充侦查完毕，并写出补充侦查报告，连同案卷材料一并移送人民法院。补充侦查的案件在补充侦查完毕移送人民检察院后，侦查羁押期限重新计算。

综上所述，在补充侦查过程中，侦查机关发现新的同案犯或者新罪行，应当及时处理。补充侦查以两次为限，补充侦查完毕移送人民检察院后，侦查羁押期限重新计算。对于补充侦查的案件，人民检察院应当自收到侦查机关移送的案卷材料后，一个月以内补充侦查完毕，并写出补充侦查报告，连同案卷材料一并移送人民法院。

在处理案件过程中,如果经过补充侦查后仍无法充分证明犯罪嫌疑人或被告人的罪行,侦查机关应当根据《刑事诉讼法》的规定向人民检察院提交补充侦查报告。同时,在补充侦查的过程中,如果侦查机关发现新的同案犯或新罪行,需要及时处理。人民检察院也应当自收到侦查机关移送的案卷材料后一个月内补充侦查完毕,并写出补充侦查报告,连同案卷材料一并移送人民法院。补充侦查的案件在补充侦查完毕移送人民检察院后,侦查羁押期限重新计算。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条第三款对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。