1.保护的法益不同。前者要保护的法益是国家机关依法执行职务的活动，后者则是国家有关传染病防治的管理规定和公共卫生安全。

2.行为方式不同。前者必须是暴力、威胁方法，后者既可以是暴力、威胁方法，也可是非暴力、威胁方法。

3.犯罪样态不同。前者只能是积极的作为形式，后者既可以是积极的作为形式，也可以是消极的不作为形式。

4.构成要件行为不同。前者表现为暴力、威胁方法阻碍国家机关依法执行职务的行为，后者表现为刑法第330条规定的第四种引起甲类传染病传播或有严重传播危险的行为。

一、妨害公务与阻碍执行职务的区别

妨害公务与阻碍执行职务的区别：

1、犯罪的客观方面不同。首先在行为指向上，前者的行为指向往往具有特定性，即是某个具体的正在依法执行公务的国家机关工作人员或红十字会工作人员；后者的行为指向则是整个国家政权。

2、犯罪的直接客体不同。前者侵害的主要客体是国家的正常管理活动；后者则是国家安全。

二、什么是聚众扰乱社会秩序罪,如何认定

聚众扰乱社会秩序罪，是指聚众扰乱社会秩序，情节严重，致工作、生产、营业、教学、科研和医疗无法进行，造成严重损失的行为。

聚众扰乱社会秩序罪的认定：

（一）本罪与违反治安管理行为的界限。

两者在表现形式上可能是相同的，都是扰乱了国家机关、团体、事业单位的秩序，致使工作、生产、营业、教学、科研不能正常进行。两者的主要区别是情节是否严重，是否使国家和社会遭受严重损失。如尚未造成严重损失的，是一般违反治安管理行为，应给予治安管理处罚。

（二）本罪同妨害公务罪的界限。

（1）前者侵害的对象是国家机关、企事业单位和人民团体；后者侵害的对象是特定的国家工作人员。

（2）前者是聚众进行；后者可以是单个人进行。

（3）前者不限于采用暴力、威胁的方法；后者采用暴力、威胁的方法。

（三）本罪与聚众冲击国家机关罪的界限。

聚众冲击国家机关的行为原本属于扰乱社会秩序的行为的一种，本法鉴于国家机关正常活动对于维护社会稳定的重要性，将其单独规定为一罪。两罪的犯罪客体不同。本罪客体是企事业单位、社会团体的正常活动秩序。聚众冲击国家机关罪的客体是国家机关的正常活动；两罪的犯罪对象不同，聚众冲击国家机关的犯罪对象仅限于各级各类国家机关，本罪的犯罪对象是国家机关以外的其他企事业单位、社会团体。

（四）与聚众扰乱公共场所、交通秩序罪的界限。

本罪与上述两罪的主体、客观方面均十分相似，主要区别在于上述两罪发生在车站、码头、民用航空站、商场、公园等公共场所，破坏的是公共场所的秩序；本罪发生在企事业单位、社会团体所在地，破坏的是这些单位的工作、生产、教学、科研秩序。