这里的司法难点，是指由于刑讯逼供罪的立法原因而导致的实务中认定的困难。其表现如下：

1.“主体不适格”的问题。众所周知，在从事侦查工作的人员中有相当一部分人不是司法工作人员。由于警力不足，帮办、协勤、民兵、联防队员等等在各个侦查部门都普遍存在，如在配有经济警察的大型厂矿企业，只有少数人具有警衔警籍，有的保卫处甚至一个正式民警也没有，但其同样担负着打击犯罪的任务，业务上归地方公安机关领导。尽管近年来此类情况有所改变，如一些大型厂矿企业的保卫部门改变职能，地方公安机关在一些重点国有大型企事业单位设立派出所等等。但是，以公安系统为例，13亿人口与不足百万的警察，这样的比例不会在短期内有根本的转变，则司法人员成分复杂的状况也就必然长期存在。司法工作人员主体成分的复杂性，导致实践中的一些认定困难：由于采取强制措施使用的都是地方公安机关正式的法律手续，不能认定为非法拘禁;在伤害程度轻微的情况下也不能认定伤害犯罪。但是其逼供的主观故意明显，刑讯的手段残忍(如以锐器刺甲)或造成冤假错案的、致人精神失常或者自杀等等，只是因为主体资格有问题而导致无法追究其刑事责任。这种情况比较普遍。另外，在无法查清通谋事实也不能确定共犯的情况下，其刑讯逼供罪也因主体问题而难以认定，并且也正是因为难以认定使得这样的“默契”越来越流行起来。

2.对“犯罪嫌疑人”和“口供”的理解问题。治安案件中的以刑讯方式逼迫当事人说清问题的现象是大量存在的，从形式上看符合本罪特征，但因行为人所逼取的不是“口供”，其面对的也不是“犯罪嫌疑人”，就不能认定为本罪。而在没有伤害后果或后果不重的情况下也出现了无法定罪处罚的局面，即在现行刑法面前，这种行为大可以肆无忌惮而无须负刑事责任。实际上，在一些专项行动中，打击犯罪和处理治安案件往往交织在一起，如在打击涉黄犯罪的过程中针对卖淫女的逼供，如果该卖淫女本人也是组织卖淫罪的犯罪嫌疑人，则有可能使一些典型的刑讯逼供案件出现罪与非罪的论争，因为卖淫女的身份可以成为不构成本罪的有力辩解。至于把无辜百姓认作犯罪嫌疑人，又以其实际上不是犯罪嫌疑人而是无罪的人为理由，免去了刑讯逼供者的刑事责任的事例就更加使问题突出起来。

3.“责任分散”的问题。一般来说，被刑讯者很难指认出具体施刑的每个人，众人在场群起而攻的情况下也难以确定谁的一击是致命或致残的。取证本身有难度和证据之间存在大量矛盾的情况普遍存在。如果是伤害案件则参与殴打的每个人都要对伤害结果承担责任，可以都构成犯罪，而没有动手的可以排除在外。而刑讯逼供案件，主审人员亲自动手实施肉刑的典型情况已经不多，以伤害论处则主审者可能就要逍遥法外，以刑讯逼供论处则有可能整个队伍都构成犯罪(实际上也不可能这样处理)。若是造成了伤害以外的其他后果，如造成冤假错案的、致人精神失常或者自杀等等，情况就更为复杂。实践中这类案件多数是以“责任分散”为由不了了之。