依据国有土地上房屋征收与补偿条例的规定，停产停业损失是不是一次性付清由双方签订的拆迁补偿协议确定，一般情况下是一次性付清的。

相关法律规定

《国有土地上房屋征收与补偿条例》

第二十二条

因征收房屋造成搬迁的，房屋征收部门应当向被征收人支付搬迁费；选择房屋产权调换的，产权调换房屋交付前，房屋征收部门应当向被征收人支付临时安置费或者提供周转用房。

第二十三条

对因征收房屋造成停产停业损失的补偿，根据房屋被征收前的效益、停产停业期限等因素确定。具体办法由省、自治区、直辖市制定。

第二十五条

房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。

补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。

一、怎么计算企业拆迁中的一次性停产停业损失

一般有以下几种情况：

1、根据纳税情况来计算停产停业的损失。

有些地方依据纳税情况，依据纳税能够推算出每年的基本利润。但是这种情况对中小型制造企业是不利的。

2、按照营业执照以及营业注册信息中标注的营业面积来计算停产停业的损失。

但是大家都清楚，我们国家的营业信息中标注的营业面积往往是针对个体工商户或者简单的商业性用房可以用营业信息推算出基本的经营面积。但是这样的计算方式往往对经营企业来讲是很不利的，因为营业信息标注的面积和实际经营使用面积是有巨大差距的。所以说测算出来的营业面积往往和经营企业所要得到的权益肯定是有很大的差距的。

3、按照实际的经营面积进行计算停产停业的损失。

如果按照实际的经营面积来计算，拆迁方也不会简单和你说一个经营面积(数字)。进行实地测量时会进行分割。哪方面的分割呢？实际的工厂生产是一块儿，职工宿舍、职工食堂、办公场地算不算经营面积呢？可能会在这方面产生纠纷。比如讲有些制造型企业，比如制造石膏板的工厂，是要进行晾晒的，整个院子都是进行水泥密封的，那么整个院子属于不属于经营面积？我是不是在进行实际经营中使用的呢？这些都会和拆迁方产生实体争议。