一个自然人投资者注册多个个人独资企业的，应分别向每个企业实际经营管理所在地主管税务机关预缴个人所得税税款。年度终了后办理汇算清缴时，分别向各企业的实际经营管理所在地主管税务机关办理年度纳税申报，并依所有企业的经营所得总额确定适用税率，以本企业的经营所得为基础，计算应缴税款，办理汇算清缴。

按照国税函［2001］84号关于《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》：投资者兴办两个或两个以上企业，并且企业性质全部是独资的，年度终了后汇算清缴时，应纳税款的计算按以下方法进行：汇总其投资兴办的所有企业的经营所得作为应纳税所得额，以此确定适用税率，计算出全年经营所得的应纳税额，再根据每个企业的经营所得占所有企业经营所得的比例，分别计算出每个企业的应纳税额和应补缴税额。

一、注册个人独资企业有什么优势

1、创立容易：注册手续简单，费用低。

2、决策自主：企业所有事务由投资人说了算，不用开会研究，也不用向董事会和股东大会作出说明，创业者可以根据市场变化情况随时调整经营方向。

3、税收负担轻：由于企业为个人所有，企业所得即个人所得，因此只征收个人所得税而免征企业所得税。

4、注册资金随意：《个人独资企业法》对注册资金没有规定。

5、经营固定成本较低：政府对其监管较少，对其规模也没什么限制，企业内部协调比较容易。

二、个人独资企业如何缴税

1、不缴纳企业所得税，而是缴纳个人所得税。

2、个人独资企业投资人所得按照“个体工商户生产、经营所得”项目征收个人所得税。

3、经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额，适用5％～35％的超额累进税率。

4、根据相关规定：个体工商户、个人独资企业、合伙企业以及个人从事其他生产、经营活动，未提供完整、准确的纳税资料，不能正确计算应纳税所得额的，由主管税务机关核定其应纳税所得额。

据此，经营所得征收方式可以分为查账征收和核定征收两大类。

核定征收具体又可细分为：

1、定期定额征收：主要适用于生产、经营规模小，达不到《个体工商户建账管理暂行办法》规定设置账簿标准的个体工商户，以及符合条件的个独企业和合伙企业。

2、核定应税所得率征收：主要适用于不能准确核算应纳税所得额，但可以准确核算收入总额或成本费用支出额的个体工商户、个独企业和合伙企业。

3、核定征收率征收：即直接根据纳税人的收入额，乘以核定的征收率进行征收，具体征收率随地区和行业不同而不同。