司法人员在调查证据时必须依照法定程序，收集能够证实犯罪嫌疑人、被告人有罪或者无罪、犯罪情节轻重的各种证据，严禁刑讯逼供和以威胁、引诱、欺骗以及其他非法的方法收集证据，收集证据应当全面，这是刑诉法第四十三条规定的基本原则。在具体运用时，应当遵循以下规则：

(一)全面取证规则。即司法人员在调取证据时，应当尽可能的全面调取能够证明案件真实情况的一切事实材料，证据形式不仅要穷尽刑诉法第四十二条规定的七种证据形式，还要尽可能地全面调取被告人有罪、无罪、罪轻、罪重的证据材料。只有这样才能更加清楚的查明案件事实，也是确保正确判案的前提。全面取证规则在我国刑事诉讼法律法规和司法解释中已作了详尽的规定。

(二)合法取证规则，即要求取证主体合法、程序合法、方法得当。主体合法要求证据的调取人必须具有合法的身份。如调取证人证言时，必须有两名以上司法工作人员调取;辩护律师向被害人及其近亲属、被害人提供的证人收集与本案有关的材料，必须征得人民法院的准许;司法人员制作书证的副本、复制件、拍摄物的照片、录像以及有关证据录音时，制作人不得少于二人;生理上、精神上有陷缺或者年幼，不能辩别是非，不能正确表达的人不能作证人等。程序合法要求证据调取必须符合法定程序或方式。如询问证人时应当事先告知其如实作证的义务及作伪证的责任;询问证人可以到证人的所在单位、住处或者司法机关进行，不得另行指定其他地点;对人身伤害的医学鉴定有争议需要重新鉴定或者对精神病的医学鉴定，应当由省级人民政府指定的医院进行;书证的副本、复制件，视听资料的复制件，物证的照片、录像，应当附有关制作过程的文字说明及原件、原物存放处的说明，并由制作人签名或者盖章;向单位收集、调取的书面证据材料，必须由提供人签名，并加盖单位印章等。方法得当要求调取证据应当采取正确方法。如严禁刑讯逼供和以威胁、引诱、欺骗以及其他非法的方法收集证据等。但在司法实践中有设置犯罪陷井，引诱犯罪的特别例外情况，如在假币犯罪和毒品犯罪中，侦查人员卧底或利用线人诱惑犯罪行为人进行假币、毒品交易时被当场查获而取得的证据。严格地讲引诱犯罪而获取的被告人犯罪的证据是不符合我国刑事诉讼证据规则的，但就我国当前的政治、法制和治安环境的现状而言，利用这种侦查谋略在侦破一些重特大刑事案件中又取到了积极作用。因此，对引诱犯罪笔者虽然不主张严格禁止，但在引诱犯罪的启动程序上，笔者认为应从严规范，从而使引诱犯罪成为享有国家侦查权的侦查机关在掌握犯罪嫌疑人已经犯罪或将要犯罪的确切线索情况下，在经法定授权后，严格依照法定程序，积极推进犯罪嫌疑人按照自己的主观故意实施犯罪行为，以达到查获犯罪事实，追究犯罪嫌疑人法律责任目的的一种特殊侦查手段。

(三)反对强迫自证其罪规则。在刑事诉讼中，控方对自己提出的主张或控告的事实负有提供证据加以证明的责任。如果控方举证不足，则将承担其主张或控告的事实不能成立的法律后果。被告人不负证明其有被控告的犯罪事实的责任。刑诉法规定被告人可以提出证明自己无罪或罪轻的材料和意见，这种由被告人提出的材料和意见是法律赋予被告人的辩护权，而不是义务，被告人可以行使，也可以放弃。因此被告人可以拒绝回答与案件事实有关的问题，控方不得强迫被控告人开口，更不能以暴力、威胁、利诱和其他非法方法迫使被控告人作有罪陈述。西方国家已普遍将反对强迫自证其罪确立为宪法原则。1966年12月16日联合国通过的《公民权利和政治权利国际公约》第14条第13款把反对强迫自证其罪确定为一项刑事诉讼国际准则。反对强迫自证其罪规则与被告人、犯罪嫌疑人沉默权的行使又存在着必然的联系。保护被告人、犯罪嫌疑人的沉默权，要求司法人员不得强迫被告人回答问题，自证有罪，司法机关不得因犯罪嫌疑人、被告人行使这一权利而作出对其不利的结论，还要求司法机关工作人员在对被告人、犯罪嫌疑人进行讯问前必须告知其有权拒绝回答任何问题的权利。但沉默权的行使是否是绝对的呢?目前，世界上大多数已确立沉默权的国家中对沉默权的行使均作了一些限制性规定，作为沉默权的例外，从而防止犯罪嫌疑人利用该规则妨碍控方对犯罪的侦查活动和逃避法律追究。目前，我国理论界和司法实务工作者对是否赋予被告人、犯罪嫌疑人沉默权存在颇大争议。笔者认为赋予被告人沉默权不仅是国际条约的要求，也是加快现代法治建设的必然要求。但结合我国的法治现状和司法实际，应当对沉默权的行使作出一些限制性规定。这些限制可以针对以下几类犯罪和具体情况：危及国家安全和社会公共利益类型的犯罪;贿赂犯罪;毒品犯罪;巨额财产来源不明犯罪;犯罪嫌疑人因与犯罪可疑物品和痕迹有关而涉嫌犯罪的;犯罪嫌疑人因在犯罪现场而涉嫌犯罪的等。对以上几种情况犯罪嫌疑人如拒不供述，司法机关可以对其作出不利的推断。