由于股权转让与土地转让特质的不同，这让两者之间在实际操作中存在着一些差异。构成要件、转让条件、登记部门、发生税费、发生税费、适用法律都有所不同。具体差异如下：

差异一：构成要件不同

转让主体、转让标的和转让条件均不同。在土地转让中，转让的标的是实体资产，即土地使用权，转让的主体是土地使用权人，即公司法人或自然人，而不是股东。因此构成土地转让行为应具备两个条件：一是土地使用权发生了转移，即在原来合法使用基础上的再次转移;二是土地使用权转移行为存在于两个民事主体——土地使用权人之间，即转让方、受让方必须在同一时点同时存在。

差异二：转让条件不同

以出让土地使用权为例，《城市房地产管理法》规定，以出让方式取得土地使用权的，转让房地产时，应当符合下列条件：

(一)按照出让合同约定已经支付全部土地使用权出让金，并取得土地使用权证书;

(二)按照出让合同约定进行投资开发，属于房屋建设工程的，完成开发投资总额的百分之二十五以上，属于成片开发土地的，形成工业用地或者其他建设用地条件。

差异三：登记部门不同

土地转让双方当事人应依法申请办理变更土地登记。有限责任公司股权发生转让的，无需办理变更土地登记。如果认为股权发生转让就必须办理变更土地登记，那么，只要上市公司的股权因股票的买进卖出而发生变动，国土资源主管部门就要根据千变万化的股市来实时进行土地登记，这显然是不可行的。

差异四：发生税费不同

土地转让时，发生的税费有营业税、土地增值税、所得税、印花税、契税等。股权转让时，从税收上看，现阶段主要涉及企业所得税或个人所得税等。从表面来看，似乎股权转让的税负明显低于土地转让，可以规避土地增值税等。

差异五：适用法律不同

股权转让与土地转让由不同的法律所调整。土地转让受《土地管理法》、《城市房地产管理法》、《民法典》、《土地管理法实施条例》等一系列与土地转让有关的法律法规所调整。这些法律、法规明确规定了土地转让的概念、转让方式及转让条件。而股权转让则适用《公司法》、《证券法》等一系列有关法规。