一、犯罪目的不同

犯罪目的是指犯罪人主观上通过犯罪行为所希望达到的结果。认定行为人的犯罪目的应该是从行为人的行为和结果中判断。集资诈骗罪的目的是“非法占有”，而法律并没有明确规定非法吸收公众存款罪的犯罪目的。一般认为是为了获得生产经营所需资金，或者是出于抢占市场、将非法吸收来的存款高利转贷出去、进行证券投资等以谋取不法利润为目的，而没有非法占有公众存款的目的。所以两者的关键在于是否以非法占有为目的。如果行为人在非法吸收公众存款时，并无非法占有存款或公众资金的目的，但在将公众存款吸收到手后，产生了将该笔存款或资金非法占有目的的，应当如何处理?有一种观点认为应以侵占罪论处。也有观点认为，此时，行为人的行为已由原来的非法吸收公众存款转化为集资诈骗，应以集资诈骗罪论处。这种以行为人后来的主观心理状态逆推其以前行为性质的观点违反了主客观相统一的原理，这种观点值得商榷。

二、犯罪客观方面不同

任何犯罪的成立都必须有刑法规定的危害行为。集资诈骗的犯罪行为人必须使用诈骗的方法，即必须使用隐瞒真相、虚构事实、使人产生错误认识的方法，才能构成犯罪，使用诈骗方法是其客观方面的构成要件;非法吸收公众存款一般表现为两种形式：

一是非法吸收公众存款，即未经中国人民银行批准，在不具有吸收公众存款的资格的情形下，向不特定对象吸收资金，出具凭证，承诺在一定期限内还本付息的活动。

二是变相吸收公众存款，即未经中国人民银行或者其他金融机构有权批准的国家机关的批准，通过投资、集资入股，成立各种名目的基金会等形式或者名义，面向社会，吸收公众资金，从而达到吸收公众存款的目的。变相吸收公众存款尽管规避了“吸收公众存款”形式，但同样是扰乱国家金融管理秩序的行为，与非法吸收公众存款具有同样的实质。

因此，无论行为是非法吸收公众存款还是变相吸收公众存款，只要实施其中行为之一的，即构成非法吸收公众存款罪。非法吸收公众存款罪不须用诈骗方法，不以使用诈骗方法为构成犯罪的要件之一，无论行为人是否对存款人掩盖其行为的非法性，都不影响该罪的成立。如若使用欺诈方式，仅仅是行为人为达到其犯罪目的而中间采取的环节性辅助行为，在行为人承诺归还存款本息上，绝对没有诈骗存款人，否则就不能以该罪论处，因而其欺诈性因素并不决定罪质。

三、犯罪类型不同

集资诈骗罪是结果犯，本罪的既遂不仅要求非法集资这一行为，而且要求骗取集资款这一现实的物质性结果出现。集资诈骗罪必须以行为人非法集资的数额达到法定的“较大”标准为条件，否则，只能当作一般违法行为处理。而非法吸收公众存款罪是行为犯，即只要行为人实施了非法吸收公众存款或变相吸收公众存款，扰乱金融秩序的行为，且达到一定程度即构成本罪。