确认股权转让协议无效判决书由法院作出，在当事人违反公司章程规定、违反《公司法》规定和违反特别规定三种情形下是属于股份转让协议无效的。

1、违反公司章程规定

《公司法》规定，“公司章程对公司股权转让另有规定的，从其规定”，从而排除了《公司法》第72条第二、二款的适用。如果公司章程对股权转让有规定，应优先适用章程的规定。比如“公司章程规定股东转让股权时，只能转让给股东张三”，如果股东将股权转让给了股东李四，那么个转让行为就会被认定为无效。或者公司章程规定“股东转让股权时，只能以原始价转让给其他股东，其他股东按出资比例购买，不能转让给股东外的其他人”，如股东将股权转让给其他人时，其协议也有可能被认为无效。

注意：

(1)公司章程对股权转让的限制性条款不能与法律和行政法规的强制性规定相抵触的。

(2)公司章程的限制性条款不能禁止股东转让股权。如果有这种规定则因违反股权自由转让的基本原则，剥夺了股东的基本权利，应属无效。

2、违反公司法规定

在公司章程没有对股权转让进行规定时，股权转让应适用公司法第72条之规定。如果股东违反其规定转让股权，应被认定为无效。

股东内部转让一般没有什么争议。如果股东向股东以外的人转让时，应争得其他股东过半数同意，其他股东在同等条件下有优先购买权先购买权。如果两个以上的股东都主张优先权时，各方可协商购买比例，如协商不成，各方按出资比例购买。

股东在向其他股东以外的人转让股权时，如果违反上述程序与规定，很有可能会被认定为转让无效。

3、违反特别规定

根据《企业国有产权转让管理暂行办法》规定：国有股权转让是需主管部门审批的。批准机关一般为国资委或当地政府。如国有股转让没有经过批准，也会被认定为股权转让无效。

公司股东转让股权时必须详细了解公司法及相关法规及公司章程的规定，否则将导致转让无效，从而带来麻烦和损失。

一、怎么进行股权转让

一般情况下，股权转让经过以下手续：

1、首先需要与第三方(受让方)签订《股权转让协议》，约定股权转让价格、交接、债权债务、股权转让款的支付等事宜，转让方与受让方在《股权转让协议》上签字盖章。

2、需要另外那位股东对欲相关股份转让给第三方放弃优先购买权，出具放弃优先购买权的承诺或证明。

3、需要召开老股东会议，经过老股东会表决同意，免去转让方的相关职务，表决比例和表决方式按照原来公司章程的规定进行，参加会议的股东在《股东会决议》上签字盖章。

4、需要召开新股东会议，经过新股东会表决同意，任命新股东的相关职务，表决比例和表决方式按照公司章程的规定进行，参加会议的股东在《股东会决议》上签字盖章。讨论新的公司《章程》，通过后在新的公司《章程》上签字盖章。

5、在上述文件签署后30日内，向税务部门交纳相关税款，再向公司注册地工商局提交《股权转让协议》、《股东会决议》、新的《公司章程》等文件，由公司股东会指派的代表办理股权变更登记。