自诉是指对于法律规定的案件，被害人或者他的法定代理人直接向人民法院提起的刑事诉讼。自诉案件在司法中的具体适用由于法律规定的欠缺和公民法律意识的淡薄，在实施过程中存在一些疑难点，具体有以下几点：

一、立案难。根据刑事诉讼法第八十三条规定，公安机关或者人民检察院发现犯罪事实或者犯罪嫌疑人，应当按照管辖范围，立案侦查。第八十八条规定，对于自诉案件，被害人有权向人民法院直接起诉。在实践中，由于案件当事人不熟悉法律规定，发生刑事案件时，仅仅知道向公安机关报案，而公安机关则依照刑诉法第八十八条规定，对自诉案件要当事人向法院起诉，不予立案侦查；或者在立案侦查后，一旦证实是自诉案件，即要求当事人向法院起诉；而法院则依据刑诉法第八十九条规定，要求公安机关继续侦查。两个机关相互推诿、扯皮，致使一些案件长时间不能立案，严重影响了当事人的生活，严重损害公安机关和法院的形象，在社会上造成不良影响。笔者认为，对于自诉案件，应根据其种类确定由哪个机关受理。

（1）对于告诉案件，追诉权完全赋予被害人及其法定代理人行使，是否提起刑事诉讼以追究犯罪人刑事责任，完全取决于被害人及其法定代理人的意志，国家不主动予以干预和追诉。这类犯罪的社会危害小，主要侵犯的是被害人的合法权益，法律规定只能由被害人及其法定代理人向法院起诉，公安机关、检察机关不能立案侦查和提起公诉。

（2）对于轻微刑事案件，被害人有证据证明的，直接向法院起诉，法院应予以受理。被害人无证据或证据不充分的，人民法院应当将案件移送公安机关处理。

被害人向公安机关报案的，公安机关应予立案侦查。经侦查，证据确实充分的，应征询被害人意见，被害人同意经自诉渠道的，告知其向法院起诉，并将有关证据移送法院。因为自诉可赋予当事人更为广泛的诉讼权利，例如撤诉、和解、反诉、上诉等，更利于案件的解决和当事人权利的保护。被害人要求走公诉渠道的，公安机关应向检察机关提出起诉意见，要求检察机关提起公诉。若检察机关不提起公诉，被害人也可直接向法院起诉，法院应予受理。

（3）对于刑诉法第一百七十条规定的第三种情形，法院应予受理。

二、调查取证难。人民法院受理自诉案件仅凭的是自诉人提供的证据，而往往在审理中，才发现双方当事人对案件陈述相差甚远，由于当事人不懂固定证据，且多数自诉案件是在亲属、邻里之间发生的，证人碍于情面，怕得罪人或不懂法律，不愿出证或给双方所出证词不一，致使法院调取、复核证据相当困难。笔者认为，对于该疑难点，法律应强化对证人权利义务的规定。