备案合同和实际施工合同不一致的话应该要依照备案合同的，因为备案合同已经经过国家的机关进行检验和备案，更加具有法律效力的。

依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》(以下简称“解释”)第21条的规定，“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”。这是“黑白合同”应当以白合同进行结算的基本原则。

应当注意的是，不是必须招投标的工程项目，但是，当事人按照招投标的程序进行了招投标，签订了施工合同并进行了备案，此后双方又签订了黑合同的。

一、关于建设工程施工合同纠纷涉及的几个常见问题

工程施工中容易出现合同纠纷，这些纠纷争议焦点主要突出表现在七个方面：

（一）施工合同的效力问题；

（二）合同无效是否应进行结算；

（三）备案合同和补充协议即黑白合同不一致，在结算时应采纳哪一份合同作为结算的依据问题；

（四）对于建设部推荐施工合同版本通用条款中涉及的发包方逾期不结算是否视为认可送审价的问题；

（五）工程款结算采取何种标准的问题；

（六）诉讼中，造价司法鉴定（司法审价）的范围；

（七）关于工程质量、工期、农民工利益等问题。

《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》

第八条承包人具有下列情形之一，发包人请求解除建设工程施工合同的，应予支持：

（一）明确表示或者以行为表明不履行合同主要义务的；

（二）合同约定的期限内没有完工，且在发包人催告的合理期限内仍未完工的；

（三）已经完成的建设工程质量不合格，并拒绝修复的；

（四）将承包的建设工程非法转包、违法分包的。

第九条发包人具有下列情形之一，致使承包人无法施工，且在催告的合理期限内仍未履行相应义务，承包人请求解除建设工程施工合同的，应予支持：

（一）未按约定支付工程价款的；

（二）提供的主要建筑材料、建筑构配件和设备不符合强制性标准的；

（三）不履行合同约定的协助义务的。

第十条建设工程施工合同解除后，已经完成的建设工程质量合格的，发包人应当按照约定支付相应的工程价款；已经完成的建设工程质量不合格的，参照本解释第三条规定处理。

因一方违约导致合同解除的，违约方应当赔偿因此而给对方造成的损失。

第十一条因承包人的过错造成建设工程质量不符合约定，承包人拒绝修理、返工或者改建，发包人请求减少支付工程价款的，应予支持。

第十二条发包人具有下列情形之一，造成建设工程质量缺陷，应当承担过错责任：

（一）提供的设计有缺陷；

（二）提供或者指定购买的建筑材料、建筑构配件、设备不符合强制性标准；

（三）直接指定分包人分包专业工程。

承包人有过错的，也应当承担相应的过错责任。

第十三条建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持；但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。

第十四条当事人对建设工程实际竣工日期有争议的，按照以下情形分别处理：

（一）建设工程经竣工验收合格的，以竣工验收合格之日为竣工日期；

（二）承包人已经提交竣工验收报告，发包人拖延验收的，以承包人提交验收报告之日为竣工日期；

（三）建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有建设工程之日为竣工日期。