合作医疗住院报销的比例是：乡镇级（一级医院）住院报销的比例是85％，起付线是200元；县级（二级医院）住院报销的比例是70％，起付线是500元；市级（三级医院）住院报销的比例是55％，起付线是700元；省级（三级医院）住院报销的比例是50％，起付线是1000。

合作医疗可以二次报销吗

合作医疗可以二次报销，具体如下：

1、参合居民身份证或户口簿原件、参合证原件；

2、新农合补偿结算单；

3、费用清单、出院小结或加盖原件收取单位公章的复印件；

4、医疗机构费用发票，或加盖原件收存单位公章的复印件；

5、特殊慢性病患者提供慢病证，或者二级以上医疗机构出具的特殊慢性病诊断证明、门诊病历；

6、患者本人或能够提供与患者有关系证明的关系人银行汇款帐号。报销的流程如下：

（1）门诊、急诊费用的报销。大额医疗互助（门诊、急诊）起付线金额在职职工为2000元，退休人员为1300元。如果一年内累计的门诊、急诊费用，职工不到2000元、退休人员不到1300元，由参保人员从个人帐户中支付。如果在自然年度内达到了起付线以上金额，就可以适用大额医疗互助制度；

（2）住院费用的报销。按照规定，目前一个年度内首次使用基本医疗保险支付住院费用时，在职、退休人员起付线金额均为1300元。第二次以及以后住院的医疗费用，起付标准按百分之50确定，为650元。一个年度内基本医疗保险统筹基金（住院费用）最高支付目前为7万元。退休人员的个人支付比例为在职职工个人支付比例的百分之60，但是起付标准以下的部分相同，全是由个人支付。住院报销的标准与参保人员所住的医疗机构的级别有关。

法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十三条

职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。

无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。

第二十五条

国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。

城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。

享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由政府给予补贴。

《社会保险法》第二十六条

职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。

第二十八条

符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。