1、立法方面

世贸组织知识产权协议在第39条规定了商业秘密的保护范围、构成条件、侵权行为等方面的内容，我国现行法律在保护范围、构成条件、侵权行为等方面的内容与世贸组织知识产权协议的规定基本一致，但也存在一些欠缺之处：

（1）未规定向政府主管部门提供的商业秘密的保护问题。世贸组织知识产权协议专门规定了对于向政府或政府的代理机构提交的医用成农用化工产品相关数据的保护，而我国未对此问题予以规定，是立法空白。世贸组织知识产权协议规定，对一些采用新化学成份的医用或家用化工产品，如要在一国政府主管部门取得进入市场的许可证，就必须把相关未披露的实验数据或其他数据提供给该政府主管部门，而该政府主管部门应保护该数据，以防不正当的商业使用。因为如果政府主管部门不承担保密义务，则这些智力成果有可能从专用的领域进入公有领域，损害权利人的利益。世贸组织还规定了对此种权利的限制，即出于保护公众的需要而进行一些必要的限制。这一规定，是与世贸组织知识产权协议第七条规定的知识产权的保护与权利行使的目的相一致的，即促进技术的革新、技术的转让与技术的传播，以有利于社会及经济福利的方式去促进生产者与技术知识使用者互利，并促进权利与义务的平衡。也就是说，商业秘密作为一种专有权利，应与公众利益相平衡，不能过于强调任何一个方面，而对另一方面产生消极影响。

我国已加入世界贸易组织，世界贸易组织其他成员的企业或个人，均有权要求中国保护其商业秘密。我国必须履行所承诺的国际义务，为政府主管部门提供的商业秘密提供法律保护。而我国现行法律对此未作规定，仅在国家工商局发布的《关于禁止侵犯商业秘密行为的若干规定》这一行政规章中作出了相关规定，即国家机关及公务人员在履行公务时，不得披露或者允许他人使用权利人的商业秘密。这一规定应在今后的商业秘密立法中予以体现，弥补立法空白，与世贸组织知识产权协议的规定相一致。

（2）保密期限的有关规定与世贸组织知识产权协议不一致。我国1988年颁布的技术引进合同管理条例施行细则第十三条规定：引进技术秘密的合同中，不能将保密义务期限规定得比合同有效期限更长。这就使得技术秘密的供方一旦将技术交给受方，就有可能在合同期满后丧失对相关技术秘密的专有权，因为受方的保密义务只到合同终止时止，供方不能依合同要求受方承担永久保密义务。但世贸组织知识产权协议第39条中规定，在任何情况下，商业秘密的权利人均有权防止他人未经许可而以违背诚实商业行为的方式去披露、获得或使用其商业秘密。这样，我国现有的关于商业秘密保护期限的规定就与世贸组织知识产权协议不符，不利于对外经济技术的交流。我国已进入世界贸易组织并受约束，就必须规定技术秘密的受方在合同期内及合同期满后均有保密义务，这种保密义务并非基于合同关系而产生，而是依商业秘密法所产生的保密义务，这方面的内容也应在今后的立法中予以完善。

（3）商业秘密保护法律救济的限制

我国现行的反不正当竞争法，对商业秘密的保护方式有两个主要缺陷：（1）我国商业保护主要是事后救济，着重对侵权行为进行规定，对于潜在侵权行为则缺乏事前救济途径，不能适应高科技信息时代企业商业秘密保护的需要，救济的迟延无异于对救济方式本身的否定。（2）举证困难，商业秘密案件举证困难早已成为普遍的呼声，由于商业秘密是一种未经登记的依靠持有人通过保密方式予以保持的无形资产。具有秘密性、隐蔽性的特点，要证明对方侵权行为非常困难，而且理论界普遍坚持商业秘密侵权责任的构成要件必须包括：商业秘密的存在；被告主观上存在过错；被告行为与损害有因果关系。因此，原告的证明往往成为胜诉的主要障碍。虽然国家工商局《关于禁止侵犯商业秘密行为的若干规定》有接触相似的侵权行为推定和举证责任倒置的法律依据。但是，这一原则与我国民事诉讼法所规定的谁主张、谁举证原则相抵触，而所依据法律文件属于部门规章，其效力层次显然不足以构成特别规定，因而不具有合法性。

（4）此外，现行商业秘密法律保护还存在商业秘密的概念模糊、构成条件不明确；保护分散、不够全面系统；原则性规定过多，规范不够细密，操作性不强等问题，有待于在今后的立法中加以完善。

2、执法方面

按国际惯例，知识产权执法是各国的国内事务，由各国按其知识产权法、民法、刑法、诉讼法等有关法律进行司法审判。但一些发达国家担心其他国家对知识产权保护不力影响其经济利益，而竭力主张进行外部干预。经过多年艰苦谈判、斗争与妥协而产生的世贸组织知识产权协议将知识产权法的一些重要准则写入协议。从总体看，我国无论是在总义务还是行政与民事程序及救济、临时措施、有关边境的专门要求、刑事程序各方面、知识产权执法都基本符合世贸组织知识产权的要求。但与我国知识产权立法所取得的巨大成就相比，在知识产权执法方面还存在着一些差距。