根据《司法鉴定程序通则》规定，申请司法鉴定应遵循以下程序：

1、委托

(1)司法鉴定机构接受司法机关、仲裁机构的司法鉴定委托。

(2)在诉讼案件中，在当事人负有举证责任的情况下，司法鉴定机构也可以接受当事人的司法鉴定委托。当事人委托司法鉴定时一般通过律师事务所进行。

2、受理

司法鉴定机构收到委托书后，应对委托人的委托事项进行审核，并作出如下决定：

(1)对于符合受理条件的，能够即时决定受理的，司法鉴定机构应当与委托人签订《司法鉴定委托受理合同》；

(2)不能即时决定受理的，应当向委托人出具《司法鉴定委托材料收领单》，在收领委托材料之日起7日内对是否受理作出决定；

(3)对于不符合受理条件的，决定不予受理的，应当退回鉴定材料并向委托人说明明理由；

(4)对于函件委托的，司法鉴定机构应当在收到函件之日起7日内作出是否受理的书面答复。

3、初次鉴定

司法鉴定机构接受委托后，由司法鉴定机构指定的司法鉴定人、或者由委托人申请并经司法鉴定机构同意的司法鉴定人完成委托事项。

4、补充鉴定

有下列情形之一的，司法鉴定机构可以接受委托，进行补充鉴定：

(1)发现新的相关鉴定材料

(2)原鉴定项目有遗漏

5、重新鉴定

有下列情形之一的，司法鉴定机构可以接受委托，进行重新鉴定：

(1)司法鉴定机构、司法鉴定人超越司法鉴定业务范围或者执业类别进行鉴定的；

(2)送鉴的材料虚假或者失实的；

(3)原鉴定使用的标准、方法或者仪器设备不当，导致原鉴定结论不科学、不准确的；

(4)原鉴定结论与其他证据有矛盾的；

(5)原司法鉴定人应当回避而没有回避的；

(6)原司法鉴定人因过错出具错误鉴定结论的；

6、复核鉴定

对鉴定结论有异议需进行复核鉴定的，其他资质较高的司法鉴定机构可以接受委托，进行复核鉴定。复核鉴定除需提交鉴定材料外，还应提交司法鉴定文书。

7、司法鉴定文书的出具

司法鉴定机构在法定或者约定的鉴定期限内完成司法鉴定后，应当按时出具司法鉴定文书。司法鉴定文书正本一式三份，其中一份交委托人，两份由司法鉴定机构存档。

8、出庭

司法鉴定人应当按照司法机关或者仲裁机关的要求按时出庭。司法鉴定人出庭时，应当出示《司法鉴定人执业证书》。

《司法鉴定程序通则》

第十二条委托人委托鉴定的，应当向司法鉴定机构提供真实、完整、充分的鉴定材料，并对鉴定材料的真实性、合法性负责。司法鉴定机构应当核对并记录鉴定材料的名称、种类、数量、性状、保存状况、收到时间等。

诉讼当事人对鉴定材料有异议的，应当向委托人提出。

本通则所称鉴定材料包括生物检材和非生物检材、比对样本材料以及其他与鉴定事项有关的鉴定资料。

一、申请工程质量鉴定应注意哪些问题

1、质量鉴定申请应由当事人申请，法院或仲裁机构一般不主动委托鉴定；

2、诉讼案件应在举证期限届满前提出，仲裁案件要求不严格。

3、申请质量鉴定应附初步证据，如照片、检测报告、证明等。

4、申请质量鉴定应列明申请鉴定的具体范围及项目，鉴定收费与此相关；

5、如存在质量问题，应考虑要求出具质量缺陷修复处理建议；

如存在质量问题，应考虑要求根据修复处理建议进行修复费用鉴定。