旷工三天自动离职公司有权利扣劳动者工资的。旷工三天以上，就算是自动离职，公司有权利扣除劳动者旷工的工资，基本上是旷一扣三，但只能扣除劳动者旷工的这几天的工资，如果劳动者工作时间是一个月，剩下的工资也会结算给劳动者的，如果公司拒不支付劳动者额外的劳动报酬，是可以向当地劳动部门进行投诉举报的。旷工职工作除名处理时，应当征求企业工会的意见。

一、如果辞职没有提前申请会怎样

劳动者未履行提前通知义务而径自离开工作岗位，使得短期内企业无法补充人员，或者导致公司的重要项目可能因劳动者的不辞而别而无法完成，造成外部的商业违约风险，间接给公司造成损失。而对于不辞而别的员工，公司虽说不能扣其工资，但可以暂时扣发，直到员工回来办理离职为止，不办离职可以一直不发。在实际的操作当中，很多公司在合同里约定了员工旷工的扣罚工资标准，如果不辞而别，公司可以按照旷工计，直到将员工的所有工资扣除为止。

二、劳动者无故旷工扣多少工资

1、旷工不得克扣员工工资，旷工只能按事假扣工资，也就是说旷工当天没有工资，不能旷一天罚三天什么的，这种做法是违法的。

2、旷工行为在很多单位属于严重违规违纪行为，可能会被开除，但单位不能扣押员工已上过班的工资。

3、聪明的单位会用其他方式，如规章制度规定做行政处罚，而不是直接克扣工资，直接扣工资是违法的！

4、先跟单位协商解决，协商不成的，可以到单位所在地劳动监察大队去投诉立案处理。

旷工，指无正当理由不请假或者请假不准而不出勤，是严重违纪行为。国务院原《企业职工奖惩条例》第十八条曾经规定：“职工无正当理由经常旷工，经批评教育无效，连续旷工时间超过15天，或者一年以内累计旷工时间超过30天的，企业有权予以除名”。计划经济时期，一些地方劳动部门也曾经规定，旷一扣二，即旷工一天，扣工资一天，另处罚一天。但这些规定均已废止。按《劳动法》规定，旷工如何处罚，由用人单位依法制定的规章制度规定。

旷工扣工资，旷一扣二，还是旷一扣三，超过当天的部分都是对职工的经济处罚。目前，对企业有无对职工罚款权，实践中是由争议的。一部分人认为《企业职工奖惩条例》废止，企业罚款权没有了法律依据，企业不能对职工进行罚款；另一部分人认为，《劳动法》赋予了用人单位依法制定规章制度管理的权利，按《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释》规定，用人单位通过民主程序制定的规章制度，经过公示的，规定了对旷工处罚的，应当有效。