根据劳动法规定，员工遭遇被公司非法辞退的情况是可以通过劳动仲裁来维护自身的合法权益，也就是说是否选择劳动仲裁劳动者自主选择权。

一、申请劳动仲裁流程

劳动争议案件，应当自劳动争议仲裁委员会受理仲裁申请之日起四十五日内作出裁决。劳动者对仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。

申请与受理：

当事人申请劳动争议仲裁应当提交书面仲裁申请书。实践中，仲裁申请书应当包括以下内容：

1、申请人的姓名、住址和身份证号或者其他身份证件号码以及联系方式；

2、被申请人名称、住所以及法定代表人或者主要负责人的姓名、职务等；

3、发生争议的事实、申请人的主张和理由等。

仲裁委员会在收到申请书后，应在七日内审查作出受理与否的决定。

开庭与裁决：

1、仲裁庭应在开庭前5日内将仲裁庭的组成情况、开庭时间、地点书面通知当事人；

2、当事人拒不到庭或未经仲裁庭同意中途退庭的，对申请人按照撤诉处理，对被申请人可以缺席仲裁；

3、开庭后应宣布仲裁人员名单，询问是否申请回避；

4、然后当事人陈述并辩论，最后进行裁决。

注意：劳动争议案件，应当自劳动争议仲裁委员会受理仲裁申请之日起四十五日内作出裁决。劳动者对仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。

期满不起诉的，裁决书发生法律效力。

另外，有两类劳动争议是一裁终局的，一是小额诉讼案件；二是标准明确的案件。具体有：

1、追索劳动报酬的案件；

2、追索工伤医疗费的案件；

3、追索经济补偿的案件；

4、追索赔偿金的案件

5、国家对相关标准有明确规定的案件，如工作时间、休息休假等

上诉案件一裁终局针对的是用人单位，如果劳动者对判决不服，依然可以提起诉讼。这也是为了保护劳动者的权利。

二、申请劳动仲裁注意事项

1、提出仲裁要求的一方应当自劳动争议发生之日起六十日内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请。仲裁裁决一般应在收到仲裁申请的六十日内作出。对仲裁裁决无异议的，当事人必须履行。

2、劳动争议当事人对仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。一方当事人在法定期限内不起诉又不履行仲裁裁决的，另一方当事人可以申请人民法院强制执行。

经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。