一、概念不同新型农村合作医疗制度是由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。城镇职工基本医疗保险是党中央国务院为适应社会主义市场经济体制，根据财政，企业和个人的承受能力，建立保障职工基本医疗需求的社会医疗保险制度。

二、基本原则不同新型农村合作医疗基本原则：

1、强调自愿参加，多方筹资。农民以家庭为单位自愿参加新型农村合作医疗，遵守有关规章制度，按时足额缴纳合作医疗经费；乡(镇)、村集体要给予资金扶持;中央和地方各级财政每年要安排一定专项资金予以支持。

2、强调以收定支，保障适度。新型农村合作医疗制度要坚持以收定支，收支平衡的原则，既保证这项制度持续有效运行，又使农民能够享有最基本的医疗服务。

3、强调先行试点，逐步推广。建立新型农村合作医疗制度必须从实际出发，通过试点总结经验，不断完善，稳步发展。要随着农村社会经济的发展和农民收入的增加，逐步提高新型农村合作医疗制度的社会化程度和抗风险能力。城镇职工基本医疗保险基本原则：基本医疗保险的水平要与社会主义初级阶段生产力发展水平相适应；城镇所有用人单位及其职工都要参加基本医疗保险，具有强制性；实行属地管理；基本医疗保险费由用人单位和职工双方共同负担；基本医疗保险基金实行社会统筹和个人账户相结合。

三、覆盖范围不同新型农村合作医疗制度的覆盖范围只有农民。城镇职工基本医疗保险的覆盖范围为城镇所有用人单位，包括企业(国有企业、集体企业、外商投资企业、私营企业等)、机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位及其职工，都要参加基本医疗保险。

四、缴费办法不同新型农村合作医疗制度交费是严格实行农民个人交费、集体扶持和政府资助相结合的筹资机制，交费主体是自愿参加合作医疗的农民。城镇职工基本医疗保险的缴费办法规定由用人单位和职工共同缴纳。用人单位以上年度本单位职工工资总额的6%缴费，职工个人缴费则按本人上年度工资收入的2%缴纳，由用人单位在职工工资中代扣代缴。

五、待遇不同新型农村合作医疗制度待遇要求参合农民每次到县(市)内定点医疗机构就诊时，凭合作医疗证可直接按比例报销部分医药费用；定点医疗机构将为农民报销所支付的资金数额以及相关凭据，定期报到县合作医疗办，经县合作医疗办审核并开具申请支付凭证，由代理银行或信用社直接将资金转入有关医疗机构的银行账户，做到新型农村合作医疗基金收支分离，管用分开，封闭运行。城镇职工基本医疗保险实行统帐结合方式，参保人员在享受个人帐户门诊包干费的同时均可享受住院医疗统筹、大病互助、特殊病种包干待遇。根据《社会保险法律法规》。