存在工程非法转包的情况下，建设工程将涉及发包人，承包人和转承包人三方主体的关系，也涉及发包人与承包人之间签订的建设工程合同以及承包人与转承包人之间签订的工程转包合同两个合同关系，工程款结算也因此需要考虑以下三方面的关系。承包人和承包人之间的工程费用结算：在过去的司法实践中，有人认为无效的承包合同不应影响双方签订的建设工程合同的效力，双方应按合同约定结算工程费用。但是，这种处理等于承包人随意承包工程，破坏建筑市场秩序的行为，似乎是不恰当的。考虑到承包方非法转包工程违反了法律的强制规定，而且其实在签订合同后并没有任何实际履约行为，其行为属于违法行为，同时也属于违约行为，承包方要求承包方按照合同约定计算工程款项的事实和欠条。

非法转包合同无效的后果

非法转包合同无效的后果如下：

1．合同自始没有法律约束力；

2．行为人应当返还因无效合同取得的财产；

3．对转包合同无效有过错的一方应当承担相应的赔偿责任。

4．以致造成工程质量低下、建设市场混乱

根据《民法典》第一百五十五条规定，无效的或者被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力。

第一百五十七条规定，民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。

《建设工程价款结算暂行办法》第十四条

工程完工后，双方应按照约定的合同价款及合同价款调整内容以及索赔事项，进行工程竣工结算。

（一）工程竣工结算方式

工程竣工结算分为单位工程竣工结算、单项工程竣工结算和建设项目竣工总结算。

（二）工程竣工结算编审

1、单位工程竣工结算由承包人编制，发包人审查；实行总承包的工程，由具体承包人编制，在总包人审查的基础上，发包人审查。

2、单项工程竣工结算或建设项目竣工总结算由总（承）包人编制，发包人可直接进行审查，也可以委托具有相应资质的工程造价咨询机构进行审查。政府投资项目，由同级财政部门审查。单项工程竣工结算或建设项目竣工总结算经发、承包人签字盖章后有效。