A公司为外商投资企业，两免三减半税收优惠已经享受完毕，M公司从2008年开始享受过渡期税收优惠政策，2010年12月31日，A公司对M公司吸收合并，该项合并适用特殊性税务处理。合并日A公司净资产账面价值为1亿元，公允价值为1.5亿元，M公司净资产账面价值为4000万元，公允价值为5000万元。2011年存续企业A公司实现应纳税所得额3000万元。
4号公告28条规定，在适用特殊性税务处理情况下，合并前各企业剩余的税收优惠年限不一致的，合并后企业每年度的应纳税所得额，应统一按合并日各合并前企业资产占合并后企业总资产的比例进行划分，再分别按相应的剩余优惠计算应纳税额。
这里的资产比例是指按照公允价值比例，还是账面价值比例呢?
第一种观点认为，应该按照净资产账面价值比例来享受税收优惠。
税收优惠金额=3000万×(4000万÷1.4亿)=3000万×28.57%=857.14(万元)
应缴企业所得税=857.14×25%÷2+(3000-857.14)×25%=642.86(万元)
第二种观点认为，应该按照公允价值比例来享受税收优惠。
税收优惠金额=3000×(5000万÷1.5亿)=3000万×33.33%=1000(万元)
应缴企业所得税=1000万×25%÷2+(3000-1000)×25%=625(万元)
在特殊性税务处理条件下，被合并企业税收优惠之所以按照资产比例来享受，是将资产的盈利能力与税收优惠挂钩，而资产的盈利能力与资产的公允价值相关，与账面价值无关。因此，从理论上来看，这里的资产比例按照公允价值更为恰当。但是基于特殊性税务处理条件下，尤其是同一控制下的合并，一般企业不进行资产评估，难以取得公允价值，且公允价值容易操纵，从征管的角度出发，也可以规定按照账面资产比例确定。目前，59号文件对此的界定并不清晰，鉴于过渡期优惠政策在2012年仍有可能适用，建议国家税务总局进一步明确政策。
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