1、只要不违反法律的禁止性和限制性规定，且充分尊重当事人双方的意思自治，协议内容合法有效的话，补充协议与主合同的效力是同等的。

2、在补充协议与主合同发生冲突时，视为对主合同的变更或撤消，其效力优于主合同。即补充合同中与主合同相冲突的条款，补充协议的条款优先适用。

3、双方需要在补充协议中明确补充原合同的效力范围，明确补充主合同是在原来的范围之内生效还是有所变动、如何变动等。

4、补充协议是以主合同的成立和有效为前提的，如果欠缺主合同成立的必备条件和必要条款，或者主合同被确认无效或者被撤销，就没有签订补充协议的必要了。

一、补充协议的相关规定

1、《民法典》（自2021年1月1日起实施）第五百一十规定，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同有关条款或者交易习惯确定；仍不能确定的，适用下列规定：

(1)质量要求不明确的，按照国家标准、行业标准履行；没有国家标准、行业标准的，按照通常标准或者符合合同目的的特定标准履行。

(2)价款或者报酬不明确的，按照订立合同时履行地的市场价格履行；依法应当执行政府定价或者政府指导价的，按照规定履行。

(3)履行地点不明确，给付货币的，在接受货币一方所在地履行；交付不动产的，在不动产所在地履行；其他标的在履行义务一方所在地履行。

(4)履行期限不明确的，债务人可以随时履行，债权人也可以随时要求履行，但应当给对方必要的准备时间。

(5)履行方式不明确的，按照有利于实现合同目的的方式履行。

(6)履行费用的负担不明确的，由履行义务一方负担。

2、对合同进行补充的方法应该按照顺序进行，首先应由当事人进行协议补充，在当事人不能达成补充协议，即当事人不愿协商或者当事人经协商但未达成一致的情况下，才应按照合同有关条款或者交易习惯确定。按后一种方法对合同予以补充的主体是人民法院或者仲裁机构，而不是合同当事人。

二、补充协议的内容限定

1、一般情况下，补充协议不能涉及主合同约定的主要标的物，不能对主合同进行实质性修改。如果要对主合同进行实质性的修改，其前提是必须符合法律规定事由，例如在合同履行过程中正常的变更或建筑面积等的变化，就可以通过签订补充协议或签证来进行。

2、特殊情况下，建筑许可、建筑工程发包与承包、建筑工程监理需要在相关部门备案的合同，以及经过招投标的合同，其条款一般不能在补充协议中随便更改。但是，现实中由于合同双方在主合同签订后往往需要订立一些与原合同不一致(主要是工程价款方面)的补充协议，按照招投标法及最高人民法院的相关司法解释，这样的补充合同中的内容是具有相应效力的，也不能推翻原合同。

3、从理论上说，经过备案的以及经过招投标的合同，涉及合同实质性内容的变更签证，应再度进行备案。至于这种备案是否是强制性的，如何进行备案，目前法律上并无新增的管理规定，可以参考当地备案部门的相关要求来决定。