新制度经济学表述的科斯定理的基本含义是：无论产权的归属如何，只要这项产权的是清晰、明确的，同时允许自由交易，总能实现资源的优化配置。而在科斯定理的应用中，一个清晰界定的产权和一个自由竞争的市场，是一个有效率的经济制度的两大理论支柱，现代产权经济学，以至主流经济学的全部理论几乎都是对这两点的应用和解释。现代产权经济学认为，一个清晰界定的产权就是私有产权，而私有产权主要又是指自然人产权，即原子式产权。因为只要将产权界定给了自然人，产权就实现了高清晰度，这是最符合科斯定理的要求，是最有效率的产权。

新制度经济学强调的原子式产权最有效率的观点，却并没有得到产权形式发展的有力支撑。如果按照科斯定理，产权形式就只能是朝着私有化，甚至是原了式产权的方向发展，因为如果是用清晰度来衡量产权，就不可能有比自然人产权或原子式产权更清晰的产权形式。但现实却恰好相反，现代社会中的产权形式，特别是经济发达国家的产权形式，却是一条由单一产权向复合产权，从自然人产权向法人财产权发展的路径。而法人财产权比原子式产权要复杂得多，模糊得多。第一，在法人财产权内部，存在若干个自然人，甚至存在若干个组织，他们共同拥有同一产权，但个人在这一产权中占有多大份额，这既是明确的，又是不明确的，说是明确的意思是从价值上每个自然人都知道自己占有的份额是多少，而从实物形态上人们却难以划清哪一部分是谁的，而只能说这是咱们企业的。第二，法人财产权内部存在相互依赖性;根据科斯定理，产权的效率来源于自然人的积极性，经济效率只与本人的产权有联系，而与他人的产权无关。而法人财产权正好相反，法人财产权存在的前提就是财产在效用上的相互依存性，个人的财产由于存在某种缺陷总是要与另一财产结合，才能进行现实的生产，马克思说：劳动力和生产资料在分离的状态下只能是可能的生产力，只有在结合的状态下才会是现实的生产力。这有两种情况，一种情况是存在资产(资源)的专用性与生产过程复合性的矛盾。任何一种商品生产都是多种资源联合生产的，联合生产是社会化大生产的本质，单独的个人很难具备进行生产的全部资源，只有将不同的资源结合在一起才能完成一个生产过程。另一种情况是受生产规模的制约;任何一项生产都对产权有一定的规模要求，而产权要达到一定的规模就必然要超出自然人的局限，要求对不同所有者的产权进行社会整合，而产权的社会整合过程不是增加了产权的明晰度，而是产权更加模糊。第二，存在财产权的拥有与使用的非对称性;在原子式产权或自然人产权状态下，个人产权的权能没有任何流失，个人可以全权处置自己的财产。而在法人财产权的状态下，个人就有可能失去部分权利，最显著的是财产的所有权与使用权的分离，一个人或若干人可以依法支配全部法人财产，但他并不拥有企业的全部产权;大部分人拥有财产所有权，但除了收益权以外，任何个人如果没有其他人的允许就不可能处置企业财产，所以个人的财产一旦形成了法人财产权，他的所有权就不可能是完整的，当然，通过法人财产权这种形式虽然失去了部分权能，但却使保存下来的权能的效益发挥得更为充分。第三，法人财产权讲究的是内部主体间的协调，而不是市场关系中只强调主体间的竞争。为了实现这种协调人们之间就不可能斤斤计较，个人利益的增长对整体利益有很强的关联性，奉献与服从是组织存在的前提，这就要求在组织内人们之间的利益边界不可能划得那么清晰，相反，某种程度的交叉更有利于组织的稳定。由此可以看出，科斯定理的基本精神与企业法人财产权的现状是有冲突的，科斯定理信奉的是产权的清晰度，而法人财产权的基础是组织的协调，是企业内部财产边界某种程度的模糊。

那么，这是否意味着，产权的清晰与否对资源的配置效率没有影响呢?回答是，一个清晰界定的产权是提高效率的基本条件，但不是唯一条件，并且不是决定性条件。