分居协议是在双方自愿、平等的基础上签订的，其实，一份分居协议书就相当于一份合同，因而分居协议属于民法典的范畴，只要符合自愿合法原则，分居协议有效，一般分居协议涉及孩子临时抚养、财产占有和处分、分居期限及离婚时财产的分割等内容。

一、分居离婚怎么办理

根据我国民法典的有关规定，夫妻分居的，可以协商离婚；也可以向人民法院起诉解除婚姻关系。在离婚诉讼中，夫妻因不和分居满二年，经人民法院调解无效的，准予离婚。夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自向婚姻登记机关申请离婚登记。离婚协议应当载明双方自愿离婚的意向，以及双方在子女抚养、财产、债务处理等事项上的共识。

二、两年分居后财产如何分割

夫妻分居期间的收入应该算共同财产，夫妻分居两地分别管理、使用的婚后所得财产，应认定为夫妻共同财产。在分割财产时，各自分别管理、使用的财产归各自所有。

离婚时的财产分割既可以协议分割也可以诉讼分割。对于分居期间的财产，如果夫妻没有作出特殊约定，那么就属于夫妻共同财产。

夫妻既可以选择协议分割，想怎么分就怎么分；也可以选择诉讼分割，法院会按照夫妻共同财产的分割原则予以分割。

如果夫妻对婚后财产或者分居期间财产作出特殊约定的，那么分居期间的收入就不属于夫妻共同财产，离婚时法院不能予以分割。但是，夫妻可以协议分割。

三、一方在分居期间恋爱算出轨吗

虽然是分居，但是仍属于婚姻存续期间，是属于合法的夫妻，如果和他人恋爱仍算是出轨。

根据《民法典》第一千零四十三条：“夫妻应当互相忠实，互相尊重；家庭成员间应当敬老爱幼，互相帮助，维护平等、和睦、文明的婚姻家庭关系。”的规定，以及结合我国一夫一妻制的基本制度，夫妻关系中只允许拥有一个配偶，分居后有外遇算出轨，因为违背了夫妻之间的忠诚义务。

我国的婚姻实行的是登记制度，也就是说即便夫妻已经分居，但是在法律上依然是夫妻关系。夫妻间的共同财产关系以婚姻关系的存在为基础，婚姻关系解除时，要对共同财产进行分割。对夫妻共同财产进行分割时，一般按照以下原则处理：

1、男女平等原则。

2、保护妇女、儿童的合法权益原则；

3、照顾无过错一方原则；

4、尊重当事人意愿原则。对夫妻双方有约定，且约定合法的，按约定处理。约定规避法律或者无效的，按共同财产处理；

5、有利生产、方便生活等原则处理。

所以，分居后有外遇导致夫妻关系破裂的一方在财产分割时出于劣势，也就是说会少分或者不分财产。

法律依据：

《民法典》第一千零八十七条

【夫妻共同财产的离婚处理】离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成时，由人民法院根据财产的具体情况，照顾子女和女方权益的原则判决。夫或妻在家庭土地承包经营中享有的权益等，应当依法予以保护。