其中最常见的问题就是在权利人因侵权行为所受损失以及行为人因侵权行为所获利润均无法查清的情况下如何酌定赔偿数额。关于这个问题学术和审判实务方面的专家们已经进行过很多的讨论，在此不再赘述。

在不正当竞争案件中，往往会出现不正当竞争行为与相应的产品利润缺乏直接必然联系的情况，这也就造成了在能够确定权利人因侵权行为所受损失或行为人因侵权行为所获利润的前提下仍然无法确定被告对原告的赔偿数额的问题。

在市场经济的开放竞争环境下，原告利润的下降与被告经营获利之间存在如何的对应关系；相关侵权行为在其中又起到了什么样的作用；在确定赔偿数额时很难确定原被告的商业利润中，有多大的比重是与涉案的权利内容相关的；原被告经营额的上升或下降，有多少是由于侵权行为造成的，又有多少是经营行为本身造成的；即使假设可以确定一个这样的比例，也无法确定原告的利益损失是否仅仅是由被告这一个侵权者的侵权行为造成的。

具体到侵犯商业秘密案件的损害赔偿数额确定问题，最高人民法院《不正当竞争司法解释》中虽然对因侵权行为导致商业秘密已为公众所知悉的情形下损害赔偿数额问题进行了因侵权行为导致商业秘密已为公众所知悉的，应当根据该项商业秘密的商业价值确定损害赔偿额。商业秘密的商业价值，根据其研究开发成本、实施该项商业秘密的收益、可得利益、可保持竞争优势的时间等因素确定的专门规定，但是对于一般的侵犯商业秘密的损害赔偿问题，依然规定可以参照确定侵犯专利权的损害赔偿额的方法进行，并未进行更为详尽的规定。

在以往审理侵犯商业秘密案件的过程中，曾出现过被告的一款产品可能侵犯一个权利人的多个商业秘密秘密点的情况，也出现过被告的一款产品可能侵犯多个权利人的商业秘密的情况。

在这种情况下，如果我们简单地以被告侵权产品的利润作为损害赔偿数额的话，如何解决仅侵犯一个秘密点和同时侵犯多个秘密点之间或者仅侵犯一个权利人的商业秘密和同时侵犯多个权利人的商业秘密在侵权性质上的差异？

如果出现仅有一个商业秘密被侵犯的权利人来起诉或者权利人在案件中只主张一个商业秘密秘密点被侵害的情况，赔偿数额的确定上就将面临两难，一方面如果将被告因侵权行为的经营获利全部赔偿给原告，那么当其他商业秘密权利人就其商业秘密或者同一权利人就其他的商业秘密秘密点提起诉讼时，在全部赔偿原则指导之下，赔偿问题将无法解决。

另一方面，如果将被告因侵权行为的经营获利按一定的比例（假设可以通过某种方法科学地确定这个比例）赔偿给原告，当其他商业秘密权利人就其商业秘密或者同一权利人就其他的商业秘密秘密点不再提起诉讼时，被告仍然保留的部分侵权获利也无法解决。对于此问题尚需进一步研究。