第一，审查税务检查的合法性。税务机关在检查之前，应向企业下达规范的《税务检查通知书》，检查须由两名以上检查人员共同实施，并向被查对象出示税务检查证。因此，如果检查人员没有依法下达《税务检查通知书》，或者没有出示税务检查证，企业可以拒绝检查，以防止个别人员滥用检查权力，侵害企业的利益。

第二，如果被查企业与检查人员存在利害关系，被查企业可以要求相关检查人员回避。如果有利害关系的检查人员没有回避，并且检查人员存在滥用职权、故意打击报复的行为，给被查企业造成了损失，被查企业可以收集相关证据，以备将来依法行使陈述申辩、听证、复议和诉讼的权利，维护自己的合法权益。

第三，要求检查人员为企业的商业秘密、个人隐私保密。在检查的过程中，税务检查人员可能会掌握到企业的客户信息、购销合同、盈利能力、负债情况、专利技术、生产工艺、工资情况等信息，其中有些属于企业保密的范畴，企业应当要求检查人员对其保密。如果有证据表明检查人员泄露企业的商业秘密或个人隐私，企业可以依法要求税务机关赔偿造成的损失。

第四，税收征管法规定，税务稽查人员调查取证时，不得违反法定程序搜集证据材料，不得以偷拍、偷录、窃听等手段获取侵害他人合法权益的证据材料，不得以利诱、欺诈、胁迫、暴力等不正当手段获取证据材料。在法律上，违法取得的证据不能作为定案依据，被查企业对涉及的违法事实可以不予认可。如果将来税务机关依据这些证据进行处理、处罚，被查企业可以依法要求听证、复议或诉讼，以避免给自己造成损失。

第五，认真审核《税务检查工作底稿》，慎重签署企业意见。《税务检查工作底稿》是检查人员对违法事实所涉及的业务情况和数据进行的描述，也是证据的组成部分。企业在《税务检查工作底稿》签署意见之前，应先根据底稿上所涉及的业务和数据，查找企业相关的会计资料，认真核实，务求准确，然后再根据核对的情况签署企业的真实意见。

第六，积极陈述申辩，尽早澄清事实，争取减少损失。被查企业通常都是在收到《税务行政处罚事项告知书》之后才进行陈述申辩，其实在税务机关作出处罚决定之前，企业随时都可以陈述申辩。不仅可以对拟处罚决定进行陈述申辩，也可以对拟处理决定进行陈述申辩。被查企业在陈述申辩的时候，如果对检查人员认定的某项违法事实有异议，应当尽可能同时提供不同的证据和依据，争取在将案件移交到审理环节之前就澄清事实，尽早避免错案发生，减少经济损失。

第七，被查企业除享有陈述申辩权利之外，对罚款还享有听证、复议和诉讼的权利，对税款和滞纳金享有复议和诉讼的权利。企业行使这些权利都有时间上的限制，在被查企业相继收到的《税务行政处罚事项告知书》、《税务处理决定书》和《税务行政处罚决定书》上，都会告知行使相关权利的途径、条件和期限。如果被查企业对其中的事项有异议，切记不要错过行使相关权利的时间。

第八，被强制执行时要防止财产非正常损失。被查企业如果未按照规定的期限缴纳或者解缴税款，经责令限期缴纳而逾期仍未缴纳的;或者对罚款逾期不申请行政复议也不向人民法院起诉、又不履行的，税务机关可能要依法采取强制执行措施。在这个过程中，被查企业虽然处于被强制执行的不利地位，但仍要关注自己的正当权益是否受到侵害。比如，企业被税务机关扣缴的存款是否超过应纳税款、罚款和滞纳金的总金额;税务机关在对财产进行变现时是否按照法定的变现顺序进行;拍卖或者变卖所得抵缴税款、滞纳金、罚款后的剩余部分是否退还被执行人等。