个人独资企业中雇员侵占罪与职务侵占罪两者的区别在于：

首先，主体不同。侵占罪的主体是一般主体。即任何具有刑事责任能力的自然人都可以成为本罪主体;职务侵占罪的主体则是特殊主体，根据刑法第二百七十条第一款规定，职务侵占罪的主体包括“公司、企业或者其他单位的人员”，也就是说该法条所指公司、企业也应当是“单位”。

其次侵犯的客体和对象不同：侵占罪侵犯的客体是他人的财物;而职务侵占罪侵犯的客体是公司、企业和其他单位的财产所有权。

第三，二者在客观方面的表现不同。侵占罪要具备非法占有代为保管的他人财物、遗忘物或埋藏物且数额较大，并具有拒不归还的行为;而职务侵占罪则是利用职务上的便利，通过盗窃、诈骗、侵吞或其他方法非法占有本单位的财物。

最后，二者适用的诉讼程序不同。侵占罪的社会危害性较小，只有数额达到一个较大的范围时才追究，且不是国家主动追究，属于告诉才处理的犯罪;而职务侵占罪的社会危害性远远大于侵占罪，故需要国家主动追究，属于公诉案件。

由此可见，究竟是“代为保管他人财物”还是“利用职务上的便利”是区分侵占罪和职务侵占罪的核心标志。而只有根据刑法规定的本罪主体的具体情况，才能正确认定行为人究竟是“代为保管他人财物”还是“利用职务上的便利”，也就是说假如个人独资企业属于自然人范畴则其雇员的行为肯定属于前者，而假如属于刑法271条第1款所指的“单位“的话则可能属于后者而必不属于前者。因此个人独资企业这一主体是否是“单位”就成为关键所在。

那么什么是“单位”呢?严格地说，“单位”并不是一个法律概念，多具有统计学的意义，如我们所使用的计量单位、计程单位等。但是作为一般法律关系中的单位，显然是指由一定数量的自然人，以一定的目的所组织起来的集合体。与民法上的“法人”相比较，其设立条件更为宽泛一些。可以说，单位是上位概念，法人是下位概念。单位除了包括“法人”外，还包括不具有法人资格的独立民事主体，如合伙组织;非独立民事主体，如法人或其他单位的内部职能机构。无论如何，这个集合体应当具有一定的名称、相对固定的住址、确定的领导机关和组织工作成员，并有一定的独立财产，以便能够对外承担民事责任。

简而言之，一般法律关系中所指的单位，是包括法人、合伙组织、非法人团体等在内的自然人集合。个人独资企业是否属于单位则是由其社会经济属性来决定的，下面就通过对其社会经济属性的分析来确定个人独资企业的法律地位以便准确揭示本文所研究对象行为的法律属性。