根据《财政部国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》（财税［2003］16号）第二条第七项规定，单位和个人转让在建项目时，不管是否办理立项人和土地使用人的更名手续，其实质是发生了转让不动产所有权或土地使用权的行为。对于转让在建项目行为应按以下办法征收营业税：

1．转让已完成土地前期开发或正在进行土地前期开发，但尚未进入施工阶段的在建项目，按转让无形资产税目中转让土地使用权项目征收营业税。

2．转让已进入建筑物施工阶段的在建项目，按销售不动产税目征收营业税。在建项目是指立项建设但尚未完工的房地产项目或其他建设项目。该文件第三条第二十项规定，单位和个人销售或转让其购置的不动产或受让的土地使用权，以全部收入减去不动产或土地使用权的购置或受让原价后的余额为营业额。

一、在建工程怎么转让？转让需要什么条件？

《城市房地产管理法》第三十九条、第四十条所规定的房地产转让的法定条件。即：以出让方式取得土地使用权的，转让房地产时，应符合下列条件：

（1）按照出让合同约定已经支付全部土地使用权出让金，并取得土地使用权证书；

（2）按照出让合同约定进行投资开发，属于房屋建设工程的，完成开发投资总额的25％以上，属于成片开发土地的，形成工业用地或者其他建设用地条件。转让房地产时房屋已经建成的，还应当持有房屋所有权证书。

（3）以划拨方式取得土地使用权的，转让房地产时，应当按照国务院规定，报有批准权的人民政府审批。有批准权的人民政府准予转让的，应当由受让方办理土地使用权出让手续，并依照国家有关规定缴纳土地使用权出让金。

二、在建工程转让需要主管部门批准吗？

1、土地出让金全部交付按照相关规定，交付全部土地出让金后才能取得土地使用权证书。但事实上，某些地方政府经常采取一些变通做法，在未支付全额土地出让金之前也可能取得土地使用权证书。对此，受让方应当审慎审查土地使用金的缴纳单据，或由相应房管部门出具已经支付全部土地使用权出让金的证明。

2、已投资开发条件《房地产管理法》中房屋建设工程必须已经投资开发并且须完成开发投资总额的百分之二十五以上的规定，是为了避免开发商为获取土地溢价利益进行倒卖而非真正进行房地产开发而设置的限制性条件。

3、不属于司法机关和行政机关依法裁定、决定查封或者以其他形式限制房地产权利的情形，不属于依法回收土地使用权，且房地产权属清晰、权属证明依法登记。而通过股权转让方式进行在建工程转让，则上述限制性条件将均不适用。换言之，除非项目公司在土地出让时，就其股权变动的限制与地方政府有过明确约定，项目公司股东可以在任何阶段将将在建工程以股权转让的方式转让出去，二不受上述各项要求的限制。

4、有人认为这种做法或有规避法律之嫌。对此，笔者认为，股权转让是由项目公司股东与受让方之间进行，其依据的是《公司法》中对股东有权在合法前提下转让其股权的相关规定，股权转让后土地使用权权利主体并未发生变更，不涉及上述《房地产管理法》中物权层面对土地使用权流转的限制。因此，在建工程开发投资总额不能满足资产转让的要求时，可以考虑通过股权转让的方式进行操作。综合现行有关法律法规的规定，通过资产转让方式转让在建工程，应履行以下程序对双方已确定的各项转让内容进行逐一清点、核查，或由专业评估机构对目标资产进行评估后确定转让价格，并在此基础上签订书面转让合同。

5、在相应行政机关办理相关过户登记。因项目公司主要资产转让减少注册资本的，还须通知债权人并在报纸上公告，项目公司在履行完毕相应债权债务关系后办理相应的注销手续。

6、转受让双方应当自土地使用权变更登记手续办理完毕之日起30日内，持房地产开发项目转让合同到房地产开发主管部门备案手续。综上，通过资产转让方式转让在建工程，涉及的内容相对更多、程序更为复杂，且政府主管部门审批等不可控的因素更大；相比之下，股权转让程序更为简易、快速。