商标专利侵权赔偿的方式：

1、商标侵权一般按照实际损失赔偿，实际损失不能确定的，以侵权所得利益为具体赔偿数额，侵权所得无法确定的，以该权利许可使用费合理倍数为具体赔偿数额；

2、专利侵权根据侵权所得或实际损失为赔偿数额，前述金额不能确定的，以该权利许可使用费合理倍数为具体赔偿数额。

一、软件专利申请流程

1、准备申请文件。

2、向专利局递交专利申请。

3、专利局收到专利申请之后进行审查，如果符合受理条件，专利局将确定申请日，给予申请号。

4、发明专利申请从发出初审合格通知书起进入公布阶段。

5、实质审查中未发现驳回理由的，将按规定进入授权程序。专利局发出授权通知书和办理登记手续通知书。

申请人接到通知书后应当在2个月之内按照通知的要求办理登记手续并缴纳规定的费用，按期办理登记手续的，专利局将授予专利权，颁发专利证书。

虽然软件的设计思想被允许申请专利，但对其申请文件的撰写要求极高。申请文件要突出该设计思想的创造性使其符合专利申请的三要素（新颖性、创造性、实用性）对撰写人来说，一定是个艰难的挑战。还要以技术方案的形式描述软件构思。

二、公司专利申请费用

1、申请费

发明专利900元；印刷费50元；实用新型专利500元；外观设计专利500元；发明专利申请维持费每年300元；发明专利申请审查费2500元

2、年费

（1）发明专利年费：1－3年900元；4－6年1200元；7－9年2000元；10－12年4000元；13－15年6000元；16－20年8000元

（2）实用新型年费：1－3年600元；4－5年900元；6－8年1200元；9－10年2000元

（3）外观设计专利年费：1－3年600元；4－5年900元；6－8年1200元；9－10年2000元

专利局可以就某些费用（申请费、发明申请审查费、发明申请维持费、复审费和授权后三年的年费五项）对确有困难的申请人实行减缓。申请人为单位的，可减缓上述费用的70％，申请人为个人的，可减缓上述费用的85％。