1、侵犯的法益不同

非法证据是以刑讯逼供、暴力、威胁以及冻饿晒烤等精神折磨的方式为手段，通过直接侵犯公民宪法性基本权利特别是人身权而获得的。而瑕疵证据多属程序性违法而非实质性瑕疵。

2、证据的真实性不同

非法证据由于是侦查人员使用肉刑或变相肉刑等方法，迫使被讯(询)问人在肉体或精神上遭受疼痛或痛苦、恐惧等情况下作出的供述，严重剥夺了其陈述的自愿性，极有可能是背离案件事实真相的虚假供述。而瑕疵证据的取得尽管存在违法情形，但只是程序性违法，如侦查人员遗漏了在勘验、检查笔录上签名等，一般不会因程序上瑕疵而改变证据内容，不会对证据本身的真实性、客观性产生实质性影响。

3、违法程度不同

非法证据强调的是取证方法的非法性，主要表现为以刑讯逼供、体罚虐待等法律明令禁止的方法，以严重侵犯公民基本权利的方式去获取证据。而瑕疵证据则表现为取证程序的违法性，虽然侦查人员的行为违法，可能对办理案件的公正性造成损害，但经补正后不会严重影响司法公正。

4、法律后果不同

非法证据侵犯公民基本权利，严重违背司法理念，违反刑事诉讼法基本原则，其造成的后果无法通过事后补救得以修复，因而不具有可逆性和可补救性，不存在补正或合理解释的可能，其自始不具有证明能力，不能作为定案的根据，一经发现应当一律排除。而瑕疵证据虽不能直接作为证据使用。

5、适用规则不同

非法证据适用强制排除规则，因其严重违背国家人权保障价值理念，助长侦查机关违法取证行为，容易导致冤假错案，严重损害司法公正，无论其内容是否真实可靠都必须绝对排除，一律不得作为证据使用，没有任何自由裁量的余地。而瑕疵证据则适用补正规则，因其欠缺证据合法性要件，其证明能力处于待定状态，应当给予侦查机关补正机会。

非法证据。根据刑诉法第五十四条的规定，非法证据可分为非法言词证据和非法实物证据。非法言词证据包括采用刑讯逼供等非法方法收集的犯罪嫌疑人、被告人供述，采用暴力、威胁等非法方法收集的证人证言、被害人陈述。非法实物证据即符合：(1)收集物证、书证不符合法定程序；(2)可能严重影响司法公正；(3)不能补正或作出合理解释等三个条件而需依法排除的实物证据。

瑕疵证据。顾名思义即取证程序存在瑕疵的证据。瑕疵证据属于侦查机关未侵犯公民的宪法性基本权利而仅仅是以轻微违法的方式获得的证据材料，只要能够补正或作出合理解释，仍可作为证据使用。